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La identificación de hongos filamentosos y levaduras en la CECT combina técnicas fenotípicas y técnicas moleculares. Estas últimas están basadas en el análisis de diferentes regiones del DNA ribosómico: secuenciación de los dominios D1/D2 del gen 28S rRNA y la región ITS (espacios intergénicos ITS1 e ITS2 y que incluye el gen 5,8S rRNA). Adicionalmente, en función del grupo del microorganismo a identificar, se utiliza la secuenciación de varios genes implicados en el mantenimiento del metabolismo de la célula (β-Tubulina y Factor de elongación de la traducción 1α).

Los servicios de identificación disponibles para eucariotas son:

 
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