Identificació microbiana mitjançant seqüenciació de gens essencials.

Identificació de procariotes

Una de les tècniques àmpliament utilitzada per a la identificació de soques procariotes es basa en la seqüenciació parcial o completa del gen 16S rRNA. Aquesta tècnica permet la identificació de soques com a mínim a nivell de gènere, i moltes vegades a nivell d'espècie. Per a això se seqüencien zones hipervariables del gen 16S rRNA on s'acumulen la majoria de diferències nucleotídiques entre espècies. En el cas de la seqüenciació parcial se seqüencien aproximadament 1000 nucleòtids, i en el cas de la seqüenciació completa aproximadament 1500 nucleòtids.

En aquells gèneres per a les quals l'anàlisi de la seqüència del gen 16S rRNA no és prou resolutiu a nivell d'espècie es pot millorar la identificació mitjançant la seqüenciació d'altres gens essencials. L'elecció d'aquests gens depén del grup microbià al qual pertanga l'aïllat. Alguns dels gens més utilitzats en procariotes són: recA, gyrB, ftsZ, rpoD, mreB...

Identificació d'eucariotes

La identificació de fongs filamentosos i llevats combina tècniques fenotípiques i tècniques moleculars. Aquestes últimes estan basades en l'anàlisi de diferents regions del DNA ribosòmic: seqüenciació dels dominis D1/D2 del gen 28S rRNA i la regió ITS (espais intergènics ITS1 i ITS2 i que inclou el gen 5,8S rRNA). Addicionalment, en funció del grup al qual pertany el microorganisme a identificar, s'utilitza la seqüenciació de diversos gens implicats en el manteniment del metabolisme de la cèl·lula (β-Tubulina, Factor d'elongació de la traducció 1α, entre altres).

• Més informació