Extracció del DNA, seqüenciació del genoma (WGS), assemblat, determinació de paràmetres de qualitat, anàlisi genòmica...
La seqüenciació completa del genoma és una tècnica cada vegada més utilitzada en taxonomia microbiana. La seqüència genòmica d'una soca (completa o esborrany) fa possible l'estudi i caracterització del microorganisme mitjançant l'anàlisi genòmica (anotació de gens, detecció d'illes genòmiques, etc.). Però a més permet fer estudis d'inferència fenotípica per a establir correspondències entre les seqüències genòmiques observades i els caràcters fenotípics de la soca.
A més, amb la seqüenciació genòmica es poden obtindre les característiques del genoma, com la seua grandària en parells de base, el contingut en G+C, quantitat de proteïnes totals, RNAs, presència de CRISPR…etc, així com dades genòmiques útils en taxonomia, com el Average Nucleotide Identity (ANI), Average Amino acid Identity (AAI) o la Hibridació DNA-DNA estimada in silico (eDDH).
- Identificació i estudis taxonòmics.
- Caracterització microbiana (bioprospecció, avaluació de seguretat alimentària, etc.).
ISO 9001:2015
L'usuari ha d'enviar un cultiu actiu de la soca (placa Petri sembrada per triple estria en el cas de procariotes i llevats; també s'accepta tub d'agar inclinat en el cas de fongs filamentosos).
Contacte: tlucena@cect.org, bacterias@cect.org i hongos@cect.org
