La EBA disposa d'una estació de mesocosmos aquàtics a l'aire lliure. Aquests sistemes experimentals de més d'un m³ permeten desenvolupar estudis en condicions seminaturals, mantenint una estreta connexió amb l'entorn del Parc Natural de l’Albufera.

Els mesocosmes permeten analitzar processos ecològics complexos baix condicions controlades sense perdre el realisme ambiental propi del treball de camp. A través d'aquests sistemes és possible investigar dinàmiques de poblacions i comunitats aquàtiques, cicles biogeoquímics, interaccions tròfiques i la resposta de l'ecosistema enfront de diferents pressions, incloent-hi la contaminació i el canvi climàtic.

Els mesocosmes de la EBA constitueixen una infraestructura per al desenvolupament d'investigacions en ecologia aquàtica, limnologia, biodiversitat i conservació, així com per a la realització d'experiments de llarga duració i estudis comparatius amb altres ecosistemes aquàtics en condicions pròximes a les del medi natural.

Les instal·lacions de mesocosmes de la EBA formen part de la red internacional AQUACOSM* una infraestructura europea que connecta instal·lacions experimentals dedicades a l'estudi d'ecosistemes aquàtics i promou la col·laboració científica internacional en investigació basada en mesocosmes.