L'Estació Biològica de l’Albufera (EBA) s'organitza mitjançant un model de col·laboració interinstitucional que combina lideratge científic especialitzat i coordinació entre administracions públiques. Aquest marc garanteix el caràcter públic del projecte, la qualitat de les activitats desenvolupades i la seua coherència amb els objectius de conservació del Parc Natural de l’Albufera.
La direcció executiva de la EBA correspon a la direcció del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) de la Universitat de València, que actua com a referent científic de l'estació. En aquest context, la Comissió científica del ICBiBE exerceix un paper clau en la coordinació, avaluació i seguiment de les activitats d'investigació vinculades a l'estació, assegurant la qualitat científica dels projectes i la seua adequació als objectius de la EBA.
Aquesta estructura permet garantir que les decisions relatives a la planificació científica, l'ús d'infraestructures i la incorporació de noves línies d'investigació s'adopten amb criteris acadèmics i d'excel·lència científica.
El desenvolupament institucional del projecte s'articula a través d'una Comissió de Seguiment, integrada per representants de la Generalitat Valenciana, l'Ajuntament de València i la Universitat de València. Aquesta comissió supervisa l'execució del conveni, facilita la coordinació entre les institucions participants i vela pel compliment dels objectius estratègics de l'estació.
La presidència de la Comissió correspon a la representació de la Generalitat Valenciana, mentre que la secretaria recau en la representació de l'Ajuntament de València, d'acord amb el que s'estableix en el conveni. La Comissió es reuneix periòdicament per a realitzar el seguiment del desenvolupament de la EBA, assegurar el compliment dels seus objectius estratègics i orientar les actuacions que contribuïsquen a consolidar i desenvolupar l'Estació Biològica de l’Albufera.
La EBA no constitueix una entitat independent, sinó una infraestructura científica pública desenvolupada en el marc d'un conveni interadministratiu. El seu funcionament es basa en la cooperació entre universitat i administracions públiques, la qual cosa permet garantir estabilitat institucional, rigor científic i una connexió directa entre la investigació i la gestió del medi natural.
