L'actual títol de Màster en Enginyeria Ambiental té com a antecedent l'antic Títol Propi de la Universitat Politècnica de València de “Especialista Universitari en Adreça d'Estacions Depuradores d'Aigües Residuals”. Aquest títol d'especialista estava organitzat per l'Institut d'Enginyeria de l'Aigua i del Medi ambient de la UPV, en el qual va col·laborar activament professorat del Departament d'Enginyeria Química de la Universitat de València.

A l'empar del RD 56/2005 de 21 de gener, pel qual es regulaven els estudis universitaris oficials de Postgrau, es va elaborar una proposta de Màster Universitari en Enginyeria Ambiental que va arreplegar els continguts del títol propi d'Especialista Universitari en Adreça d'Estacions Depuradores d'Aigües Residuals i va incorporar la resta d'àrees que són objecte d'estudi en l'enginyeria ambiental (contaminació atmosfèrica, gestió de residus, contaminació de sòls…). Des del primer moment es va considerar que l'estreta col·laboració tant a nivell docent com de recerca entre la UV i la UPV suposava un actiu a l'hora d'engegar la titulació, en fer possible comptar amb professors universitaris de reconegut prestigi en els seus camps d'especialització. És a dir, el fet de tractar-se d'un màster interuniversitari permetia suma recursos i esforços d'ambdues institucions.

La titulació va començar a impartir-se en el curs 2006/2007. Des de llavors s'han produït algunes modificacions a fi d'adaptar els estudis al nou marc normatiu que va establir el Decret 1393/2007 de 29 d'octubre i les seues modificacions incorporades en el RD 861/2010 de 2 de juliol.