CV Paula Alepuz Español

Estudié Ciencias Químicas en las Universidades de Alicante y Valencia, España, donde me gradué con honores (Premio Extraordinario de Licenciatura). En 1997, obtuve el Doctorado en Química con Cum Laude por la Universidad de Valencia. En mi tesis, bajo la dirección del Dr. Francisco Estruch, caractericé un nuevo gen de la levadura Saccharomyces cerevisiae, que codifica una proteína involucrada en la respuesta genética a diferentes señales ambientales. Durante mi doctorado, pasé 5 meses en la Universidad Johns Hopkins en Baltimore (EE. UU.) en el laboratorio del Dr. Kyle Cunningham, donde completé parte de mis estudios. De 1998 a 2001 fui investigador postdoctoral en la Universidad de Viena (Austria) en el laboratorio del Dr. Gustav Ammerer, financiado por una beca EMBO de larga duración. Durante este tiempo descubrimos que la MAPK Hog1 de levadura, homóloga a la p38 humana, cuando se activa en respuesta al estrés se une a numerosos genes  en el núcleo y promueve la respuesta transcripcional de la célula. Nuestros resultados fueron publicados en Molecular Cell, y durante un segundo periodo postdoctoral en la Universidad Pompeu Fabra (Barcelona, ​​España) en el laboratorio del Dr. Francesc Posas, pude continuar este proyecto y publicamos artículos en las revistas EMBO y Nature que mostraban que Hog1 unida a los genes de estrés recluta factores de transcripción específicos y a la RNA polimerasa II para activar la transcripción.

Mi carrera como investigadora independiente comenzó a finales de 2003, cuando obtuve un contrato del competitivo programa español Ramón y Cajal y regresé al Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Valencia. En 2009, fui nombrada Profesora Titular de universidad. En 2011 fui investigadora visitante en la Universidad de Gotemburgo en Suecia, donde comencé a colaborar con el Dr. Per Sunnerhagen, y desde 2023 soy Catedrática de la Universidad de Valencia. Lidero el grupo Expresión Génica en Eucariotas: del DNA a las Proteínas (EGE: DtoP), donde estudiamos la expresión génica con un enfoque integrado de las diferentes etapas, principalmente la transcripción génica y la degradación y traducción de los mRNAs. En los últimos años, hemos centrado nuestros esfuerzos en la función y las dianas del factor de elongación traduccional eIF5A, un factor conservado evolutivamente esencial en todas las células eucariotas e implicado en enfermedades como el cáncer, la infección viral y el envejecimiento. En los últimos años, hemos descrito los motivos peptídicos bajo el control de eIF5A, encontrado nuevas proteínas diana en células de levadura y mamíferos, como forminas y colágenos, que requieren eIF5A para su síntesis, y desentrañado un mecanismo molecular por el cual eIF5A controla la función mitocondrial. La mayor parte de nuestro trabajo se realiza en colaboración con grupos científicos nacionales e internacionales y son el resultado del esfuerzo de muchos estudiantes de doctorado, máster y posgrado.

Como resumen de mi investigación, he publicado alrededor de medio centenar de artículos científicos, he presentado más de 60 comunicaciones en congresos, he impartido conferencias invitadas en diferentes centros de investigación de España, Austria, Suiza, Alemania y Suecia, he dirigido 13 proyectos de investigación nacionales o locales y he participado en otros 10 proyectos, 3 de ellos internacionales, actualmente soy proponente secundario de la acción europea COST Translacore. Soy miembra de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM) y de las redes nacionales de investigación RNA Life y Red Española de Levaduras (REDIL). También reviso regularmente manuscritos científicos en revistas como Nature Communications, NAR o PNAS, entre otras. Soy editora de la revista Frontiers in Cell and Developmental Biology y realizo regularmente tareas de evaluación para organismos nacionales como la Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva (ANEP) y la Agencia Andaluza del Conocimiento (DEVA-AAC), e internacionales como la Comisión Europea y agencias nacionales de evaluación, fundaciones privadas o universidades de Polonia, Uruguay, Bélgica, Suecia, Reino Unido o Austria. También he participado activamente en actividades de docencia, gestión y formación en la Universitat de València, donde he dirigido tesis doctorales, de máster y de grado y numerosas prácticas de laboratorio de pregrado.

He compaginado las tareas de investigadora y profesora con las de madre. He tenido dos interrupciones en mi trabajo debidas al nacimiento y crianza de mi hija (2005) y mi hijo (2010).

Por último, participo en las tareas de divulgación científica a la sociedad a través de artículos a diferentes niveles, entrevistas en periódicos locales o cadenas de televisión, conferencias en institutos y escuelas primarias, y la promoción de la investigación entre los estudiantes, especialmente las niñas, a través de conferencias y experimentos en las escuelas.

Código ORCID: 0000-0003-1472-2373

Researcher ID: F-7849-2016

Scopus Author ID: 6603311983

[Biografía, versión en castellano]

As a university student (Universitat de València, UV), I belonged to the research team awarded with the prize “Certamen de Jóvenes Investigadores” with a proposal about polymorphisms associated with alcoholism (1993). I got my degree in Biology (1993) and my dissertation about Usher syndrome” (1998) was awarded as the best doctoral thesis by ONCE - UV. With this study, I initiated my career on genetics of rare Mendelian diseases. The main scientific contributions were the characterization of genetic bases of Usher syndrome in clinical series and the estimate of prevalence in Spain. My postdoctoral period started in the Unit of Congenital Bleeding Disorders at the University Hospital La Fe (1998-2003), where I got a fellowship from the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). I collaborated on research lines focused on genetics of hemophilia A and B, coagulation FVII deficiency and von Willebrand disease as a postdoctoral researcher. I participated in the genetic study of cohorts of Spanish patients with several coagulopathies. In 2003, I moved to the Instituto de Biomedicina de Valencia – CSIC where I collaborated with open research lines focused on genetics of ataxias, peripheral neuropathies and movement disorders. I described for the first time the genetic bases of an ultrare disease: uroconase deficiency. I started as a group leader with my Miguel Servet I (MSI, 2009-15), and with the first grants, I initiated my own research lines. In 2014, I was evaluated and obtained the MSII contract as PI (2015-18). My group provided new data to better understand the disease mechanism of Charcot-Marie-Tooth type 4C (CMT4C); to characterize genetics associated with CMT and generate genetic tools for diagnosis; to discover junctophilin as a genetic modifier of CMT2K; and to establish MORC2 as a new gene involved in CMT2Z. I initiated new lines focused on the molecular bases and biomarkers for NBIA (Neurodegeneration with Brain Iron Accumulation) and Wilson’s disease (WD). I participated in the development of a new clinical scale for NBIA patients as well as the description of the genetic bases. My group reported the genetics of clinical series of WD and detected a miRNA profile as biomarkers (patent).

During these years as MS researcher and group leader, I got projects funded by public or private institutions such as ISCIII, IRDiRC, CNAG, Foundation La Marató TV3, Foundation Ramón Areces, Foundation Per Amor a l'Art, AFM-Téléthon and EASIGenomics. Recently, I was awarded with my sixth national public project funded by the ISCIII (PI24-00017).

Technological development activities, in 2012, I moved my MSI contract to the Hospital U. La Fe where I created the Neurogenetics Platform, a service in which we offered genetic analysis of rare hereditary neuropathies. In 2013, I moved to the CIPF where, do I ran my own group and also worked in the Service of Genomics and Translational Genetics (SGGT), in which I carried out genetic analysis of rare neuropathies. In 2016, we generated a gene panel for hereditary peripheral neuropathies that we traded in the service. I was the SGGT’s director from 2015 until its closing in 2021.

In 2024, I obtained a teaching position in the Genetics Department of the University of Valencia where I currently carry out my teaching and research activities.

I work close with PAOs (patient advocacy organizations): (1) I belong to the scientific board of the Spanish PAOs on Wilson disease (AEFE Wilson) and ataxias (FEDAES), and I usually collaborate in meetings with others (ADIBI, ASVAH). (2) I am the chair-woman of AITER (consortium with 15 institutions for the Translational Research in Rare Diseases in Valencia). (3) I organize since 2016, the National Conference of Female Researchers in Rare Diseases, which binds science, women and rare diseases, and aims to bring science about rare diseases made by women closer to citizens.

Doctora en Farmacia por la Universitat de València (1991), realicé una estancia postdoctoral de más de 3 años en el Eccles Institute of Human Genetics (University of Utah, USA). Tras 15 años dedicada al estudio de la levadura Saccharomyces cerevisiae desde casi cualquier punto de vista (estudio de la pared celular, sistema modelo para el estudio de genes supresores de tumores humanos, análisis de estrés y contaminación en levaduras cerveceras o la expresión génica global en levaduras vínicas), me incorporé al campo de la evolución genómica bacteriana, en el que trabajo desde 2001 como miembro del grupo de Genética Evolutiva de la Universitat de València, en la que actualmente soy Catedrática de Genética.

Realizo mi tarea investigadora en el Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio), centro mixto UV-CSIC ubicado en el Parc Científic de la Universitat de València (Paterna). Desde 2001, me he dedicado principalmente al estudio del genoma de bacterias endosimbiontes, que viven dentro de células especializadas de insectos con dietas restringidas (como pulgones, gorgojos o cochinillas algodonosas), para comprender la relación entre estas bacterias y sus hospedadores, la reducción del genoma bacteriano en estas condiciones y sus consecuencias para la red metabólica inferida. Como complemento a estos trabajos, también he participado en estudios sobre la definición del genoma mínimo, fundamental para el mantenimiento de una célula viva, y sus implicaciones en el campo de la Biología Sintética.

En los últimos años, nuestro sistema modelo consolidado para estudiar interacciones simbióticas es la cucaracha alemana Blattella germanica. Las cucarachas son especialmente interesantes porque en cada individuo coexisten dos sistemas simbióticos, un endosimbionte obligado y una compleja microbiota intestinal. Hemos desarrollado estrategias para comprender mejor la implicación de cada sistema en el bienestar del hospedador y el supuesto diálogo entre los participantes en la relación. Actualmente nos estamos centrando en el estudio de los mecanismos moleculares utilizados por hospedador para controlar a los simbiontes, prestando especial atención a los péptidos antimicrobianos y los microRNAs.

Proyectos de investigación actuales

- Host-symbiont communication and its utility in biological pest and pathogen control (SYMB-CONTROL, PID2021-128201NB-I00; co-financed MICIN-UEFEDER-AEI)
- Temperature and antibiotics stress: effects on phage bacteria interactions in the gut microbiota of Blatella germanica (CIPROM/2021/042; Generalitat Valenciana).
- RNA communication across kingdoms: new mechanisms and strategies in pathogen control (exRNA-PATH, CA20110; COST action. EU)

Publicaciones recientes y seleccionadas

Cazzaniga, M., R. Domínguez-Santos, J. Marín-Miret, R. Gil, A. Latorre, C. García-Ferris (2023). Exploring gut microbial dynamics and symbiotic interaction in Blattella germanica using rifampicin. Biology 12:955. doi: 10.3390/biology12070955

Latorre, A., R. Domínguez-Santos, C. García-Ferris, R. Gil (2022). Of cockroaches and symbionts: recent advances in the characterization of the relationship between Blattella germanica and its dual symbiotic system. Live 12:290. doi: 10.3390/life12020290

Garzón, M.J., M. Reyes-Prieto, R Gil (2022). The minimal translation machinery: what we can learn from naturally and experimentally reduced genomes. Front. Microbiol. 13:858983. doi: 10.3389/fmicb.2022.858983

Solana, J., E. Garrote-Sánchez, R. Gil (2021). DELEAT: gene essentiality prediction and deletion design for bacterial genome reduction. BMC Bioinformatics 22:444. doi:10.1186/s12859-021-04348-5 doi: 10.1186/s12859-021-04348-5

Domínguez-Santos R, A.E. Pérez-Cobas, P. Cuti, V. Pérez-Brocal, C. García-Ferris, A. Moya, A. Latorre, R. Gil (2021). Interkingdom gut microbiome and resistome of the cockroach Blattella germanica. mSystems 6:e01213-20. doi: 10.1128/mSystems.01213-20

Reyes-Prieto, M., R. Gil, M. Llabrés, P. Palmer-Rodríguez, A. Moya (2021). The metabolic building blocks of a minimal cell. Biology 10:5. doi: 10.3390/biology10010005

Gil, R., A. Latorre (2019). Unity makes strength: a review on mutualistic symbiosis in representative insect clades. Life 9:21; doi:10.3390/life9010021.

Gil, R., C. Vargas-Chavez, S. López-Madrigal, D. Santos-García, A. Latorre, A. Moya (2018). Tremblaya phenacola PPER: An evolutionary beta-gammaproteobacterium collage. ISME J. 12:124-135. doi: 10.1038/ismej.2017.144

López-Madrigal, S., R. Gil (2017). Et tu, Brute? Not even intracellular mutualistic symbionts escape horizontal gene transfer. Genes 8:247. doi: 10.3390/genes8100247

Lloréns-Rico, V., J. Cano, T. Kamminga, R. Gil, A. Latorre, W. H. Chen, P. Bork, J. I. Glass, L. Serrano, M. Lluch-Senar (2016). Bacterial antisense RNAs are mainly the product of transcriptional noise. Sci. Adv. 2:e1501363. doi: 10.1126/sciadv.1501363

Klein, A., L. Schrader, R. Gil, A. Manzano-Marín, L. Flórez, D. Wheeler, J. H. Werren, A. Latorre, J. Heinze, M. Kaltenpoth, A. Moya, J. Oettler (2016). A novel intracellular mutualistic bacterium in the invasive ant Cardiocondyla obscurior. ISME J. 10:376-388. doi: 10.1038/ismej.2015.119

Gil, R., J. Peretó (2015). Small genomes and the difficulty to define minimal translation and metabolic machineries. Front. Ecol. Evol. 3:123. doi: 10.3389/fevo.2015.00123

López-Madrigal, S., A. Latorre, A. Moya, R. Gil (2015). The link between independent acquisition of intracellular gamma-endosymbionts and concerted evolution in Tremblaya princeps. Front. Microbiol. 6:642. doi: 10.3389/fmicb.2015.00642

Gil, R. (2014). The minimal gene-set machinery. In Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine: Synthetic Biology, 2nd edition. Meyers RA (ed.). Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. pp. 1-36. doi: 10.1002/3527600906.mcb.20130079

López-Madrigal, S., A. Beltrà, S. Resurrección, A. Soto, A. Latorre, A. Moya, R. Gil (2014). Molecular evidence for ongoing complementarity and horizontal gene transfer in endosymbiotic systems of mealybugs. Front. Microbiol. 5:449. doi: 10.3389/fmicb.2014.00449

Oakeson, K. F.*, R. Gil*, A. L. Clayton, D. M. Dunn, A. C. von Niederhausern, C. Hamil, A. Aoyagi, B. Duval, A. Baca, F.J. Silva, A. Vallier, D. G. Jackson, A. Latorre, R. B. Weiss, A. Heddi, A. Moya, C. Dale (2014). Genome degeneration and adaptation in a nascent stage of symbiosis. Genome Biol. Evol. 6:76-93. doi: 10.1093/gbe/evt210 *Equal contribution.

López-Madrigal, S., A. Latorre, M. Porcar, A. Moya, R. Gil (2013). Mealybugs nested endosymbiosis: going into the ‘matryoshka’system in Planococcus citri in depth. BMC Microbiol. 13:74. doi: 10.1186/1471-2180-13-74

Moya, A., R. Gil, A. Latorre., J. Peretó, M.P. Garcillán-Barcia, F. de la Cruz (2009). Towards minimal bacterial cells: evolution versus design. FEMS Microbiol. Rev. 33:225-235. doi: 10.1111/j.1574-6976.2008.00151.x

Moya, A., J. Peretó, R. Gil, A. Latorre (2008). Learning how to live together: genomic insights into prokaryote-animal symbioses. Nature Rev. Genet. 9:218-229. doi:10.1038/nrg2319 

Tamames, J.*, R. Gil*, A. Latorre, J. Peretó, F.J. Silva, A. Moya (2006). The frontier between cell and organelle: genome analysis of Candidatus Carsonella ruddii. BMC Ecol. Evol. 7:181. doi: 10.1186/1471-2148-7-181 *Equal contribution.

T. Gabaldón, J. Peretó, F. Montero, R. Gil, A. Latorre, A. Moya (2007). Structural analyses of a hypothetical minimal metabolism. Phil. Trans. R. Soc. B. Biol. Sci. 362:1751-1762. doi:  10.1098/rstb.2007.2067

Pérez-Brocal, V., R. Gil, S. Ramos, A. Lamelas, M. Postigo, J. M. Michelena, F. J. Silva, A. Moya, A. Latorre (2006). A small microbial genome: the end of a long symbiotic relationship? Science 314:312-313. doi: 10.1126/science.1130441

Gil, R., F. J. Silva, J. Peretó, A. Moya (2004). Determination of the core of the minimal bacterial gene set. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 68: 518-537. doi: 10.1128/MMBR.68.3.518-537.2004

Gil, R., B. Sabater-Muñoz, A. Latorre, F. J. Silva, A. Moya (2002). Extreme genome reduction in Buchnera spp.: towards the minimal genome needed for symbiotic life. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 4454-4458. doi: 10.1073/pnas.062067299

Estudié Biología (1998-2003) y me doctoré en Biología en la Universidad de Valencia (UV), España, en 2009. Después de mi doctorado, trabajé como investigador asociado durante 14 años en el Departamento de Genética de la UV continuando con la misma línea de investigación de mi doctorado. Finalmente en 2023, pasé a la figura de Ajudante Doctor  en el área de genética. Mi investigación está asociada al Instituto de Biotecnología y Biomedicina de la UV (Biotecmed). Mis intereses de investigación actuales son (a) estudiar el modo de acción de las proteínas de Bacillus thuringiensis (Bt), (b) estudiar el mecanismo de respuesta de los diferentes hospedadores después del desafío con proteínas Bt, (c) y comprender las bases bioquímicas y genéticas de la resistencia de las plagas de insectos agrícolas a las proteínas Bt.
[Biografía, versión en castellano]