[Biografia, versió en valencià]

[Biografia, versió en valencià]

Vaig obtindre la Llicenciatura en Ciències Biològiques en 1997 (Universitat de València, UV) i el Doctorat en Ciències Biològiques en 2003 (UV). Posteriorment, vaig realitzar una estada posdoctoral al Departament de Zoologia de la Universitat d'Oxford (2004-2006), després de la qual cosa vaig obtindre un contracte Juan de la Cierva (UV, 2007-2009). A continuació, em vaig incorporar amb un contracte Jae Doc a l'Institut de Biologia Molecular i Cel·lular de Plantes (IBMCP-CSIC, 2010-2012). Durant els tres anys següents vaig reprendre la meua labor investigadora a a UV, si be va ser a partir de 2016 quan ho vaig fer en qualitat d'Investigador Ramón y Cajal. Des de 2021, sóc Professor Titular de la UV, adscrit al Departament de Genètica de la Facultat de Ciències Biològiques, i desenvolupe la meua investigació a l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio). Dins de la meua labor docent, he tutoritzat nombrosos Treballs de Fi de Grau i de Fi de Màster. A més, impartisc docència en matèries relacionades amb genètica, evolució molecular i virologia en el Grau de Biologia i el Màster en Virologia. En aquest últim, actue com a Codirector des de 2024.

El meu camp d'investigació es centra en l'estudi de l'evolució de virus, fonamentalment d'ARN, mitjançant la utilització d'eines de genètica de poblacions, biologia molecular i cel·lular, filogenètica i bioinformática. Per a això, he dut a terme estudis d'evolució experimental i molecular en models tan diversos com a virus humans, animals, vegetals i de bacteris. En particular, l'auge de les noves tecnologies de seqüenciació massiva m'ha portat a focalitzar recentment el meu treball en l'anàlisi de dades de seqüenciació massiva (NGS) per a obtindre estimes de diversitat viral. Actualment, els objectius de la meua línia d'investigació a mitjà/llarg termini s'emmarquen en la fusió de l'anàlisi bioinformátic de les dades generades per NGS amb metodologies prèvies adquirides al llarg de la meua carrera professional, tals com l'estudi de virus en cultius cel·lulars o l'anàlisi filogenètica.

Al llarg de la meua carrera professional, he participat en més de vint projectes d'investigació (tres d'ells com a investigador principal). He publicat més de 50 articles d'investigació, la majoria d'ells com a primer autor o com a autor de correspondència, destacant alguns en revistes com PLoS Biology, Nature comunications, Nature Microbiology, Molecular Biology and Evolution, o PLoS Genetics. També he publicat 3 capítols de llibre. A més, he dirigit 3 tesis doctorals (una altra està en curs).

Doctora en Farmàcia per la Universitat de València (1991), vaig realitzar una estada postdoctoral de més de 3 anys a l'Eccles Institute of Human Genetics (Universitat de Utah, USA). Després de 15 anys dedicada a l'estudi del llevat Saccharomyces cerevisiae des de gairebé qualsevol punt de vista (estudi de la paret cel·lular, sistema model per a l'estudi de gens supressors de tumors humans, anàlisi d'estrès i contaminació en llevats cervesers o l'expressió gènica global en llevats vínics), em vaig incorporar al camp de l'evolució genòmica bacteriana, en què treballe des de 2001 com a membre del grup de Genètica Evolutiva de la Universitat de València, en la qual actualment sóc Catedràtica de Genètica.

Faig la meva investigació a l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio), centre mixt UV-CSIC ubicat al Parc Científic de la Universitat de València (Paterna). Des del 2001, m'he dedicat principalment a l'estudi del genoma de bacteris endosimbionts, que viuen dins de cèl·lules especialitzades d'insectes amb dietes restringides (com pugons, corcons o cotonets), per comprendre la relació entre estes bactèries i els seus hostatgers, la reducció del genoma bacterià en estes condicions i les conseqüències per a la xarxa metabòlica inferida. Com a complement a aquests treballs, he participat també en estudis sobre la definició del genoma mínim, fonamental per al manteniment d'una cèl·lula viva, i les seves implicacions en el camp de la Biologia Sintètica.

En els darrers anys, el nostre sistema model consolidat per estudiar interaccions simbiòtiques és la panderola alemanya Blattella germanica. Les panderoles són especialment interessants perquè en cada individu coexisteixen dos sistemes simbiòtics, un endosimbiont obligat i una complexa microbiota intestinal. Hem desenvolupat estratègies per comprendre millor la implicació de cada sistema en el benestar de l'hostatger i el suposat diàleg entre els participants en la relació. Actualment ens estem centrant en l'estudi dels mecanismes moleculars utilitzats per l’hostatger per controlar els simbionts, prestant especial atenció als pèptids antimicrobians i als microRNAs.

Projectes d’investigació actuals

- Host-symbiont communication and its utility in biological pest and pathogen control (SYMB-CONTROL, PID2021-128201NB-I00; co-financed MICIN-UEFEDER-AEI)
- Temperature and antibiotics stress: effects on phage bacteria interactions in the gut microbiota of Blatella germanica (CIPROM/2021/042; Generalitat Valenciana).
- RNA communication across kingdoms: new mechanisms and strategies in pathogen control (exRNA-PATH, CA20110; COST action, EU)

Publicacions recents i seleccionades

Cazzaniga, M., R. Domínguez-Santos, J. Marín-Miret, R. Gil, A. Latorre, C. García-Ferris (2023). Exploring gut microbial dynamics and symbiotic interaction in Blattella germanica using rifampicin. Biology 12:955. doi: 10.3390/biology12070955

Latorre, A., R. Domínguez-Santos, C. García-Ferris, R. Gil (2022). Of cockroaches and symbionts: recent advances in the characterization of the relationship between Blattella germanica and its dual symbiotic system. Live 12: 290. doi: 10.3390/life12020290

Garzón, M.J., M. Reyes-Prieto, R Gil (2022). The minimal translation machinery: what we can learn from naturally and experimentally reduced genomes. Front. Microbiol. 13:858983. doi: 10.3389/fmicb.2022.858983

Solana, J., E. Garrote-Sánchez, R. Gil (2021). DELEAT: gene essentiality prediction and deletion design for bacterial genome reduction. BMC Bioinformatics 22:444. doi:10.1186/s12859-021-04348-5 doi: 10.1186/s12859-021-04348-5

Domínguez-Santos R, A.E. Pérez-Cobas, P. Cuti, V. Pérez-Brocal, C. García-Ferris, A. Moya, A. Latorre, R. Gil (2021). Interkingdom gut microbiome and resistome of the cockroach Blattella germanica. mSystems 6:e01213-20. doi: 10.1128/mSystems.01213-20

Reyes-Prieto, M., R. Gil, M. Llabrés, P. Palmer-Rodríguez, A. Moya (2021). The metabolic building blocks of a minimal cell. Biology 10:5. doi: 10.3390/biology10010005

Gil, R., A. Latorre (2019). Unity makes strength: a review on mutualistic symbiosis in representative insect clades. Life 9:21; doi:10.3390/life9010021.

Gil, R., C. Vargas-Chavez, S. López-Madrigal, D. Santos-García, A. Latorre, A. Moya (2018). Tremblaya phenacola PPER: An evolutionary beta-gammaproteobacterium collage. ISME J. 12:124-135. doi: 10.1038/ismej.2017.144

López-Madrigal, S., R. Gil (2017). Et tu, Brute? Not even intracellular mutualistic symbionts escape horizontal gene transfer. Genes 8:247. doi: 10.3390/genes8100247

Lloréns-Rico, V., J. Cano, T. Kamminga, R. Gil, A. Latorre, W. H. Chen, P. Bork, J. I. Glass, L. Serrano, M. Lluch-Senar (2016). Bacterial antisense RNAs are mainly the product of transcriptional noise. Sci. Adv. 2:e1501363. doi: 10.1126/sciadv.1501363

Klein, A., L. Schrader, R. Gil, A. Manzano-Marín, L. Flórez, D. Wheeler, J. H. Werren, A. Latorre, J. Heinze, M. Kaltenpoth, A. Moya, J. Oettler (2016). A novel intracellular mutualistic bacterium in the invasive ant Cardiocondyla obscurior. ISME J. 10:376-388. doi: 10.1038/ismej.2015.119

Gil, R., J. Peretó (2015). Small genomes and the difficulty to define minimal translation and metabolic machineries. Front. Ecol. Evol. 3:123. doi: 10.3389/fevo.2015.00123

López-Madrigal, S., A. Latorre, A. Moya, R. Gil (2015). The link between independent acquisition of intracellular gamma-endosymbionts and concerted evolution in Tremblaya princeps. Front. Microbiol. 6:642. doi: 10.3389/fmicb.2015.00642

Gil, R. (2014). The minimal gene-set machinery. In Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine: Synthetic Biology, 2nd edition. Meyers RA (ed.). Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. pp. 1-36. doi: 10.1002/3527600906.mcb.20130079

López-Madrigal, S., A. Beltrà, S. Resurrección, A. Soto, A. Latorre, A. Moya, R. Gil (2014). Molecular evidence for ongoing complementarity and horizontal gene transfer in endosymbiotic systems of mealybugs. Front. Microbiol. 5:449. doi: 10.3389/fmicb.2014.00449

Oakeson, K. F.*, R. Gil*, A. L. Clayton, D. M. Dunn, A. C. von Niederhausern, C. Hamil, A. Aoyagi, B. Duval, A. Baca, F.J. Silva, A. Vallier, D. G. Jackson, A. Latorre, R. B. Weiss, A. Heddi, A. Moya, C. Dale (2014). Genome degeneration and adaptation in a nascent stage of symbiosis. Genome Biol. Evol. 6:76-93. doi: 10.1093/gbe/evt210 *Equal contribution.

López-Madrigal, S., A. Latorre, M. Porcar, A. Moya, R. Gil (2013). Mealybugs nested endosymbiosis: going into the ‘matryoshka’system in Planococcus citri in depth. BMC Microbiol. 13:74. doi: 10.1186/1471-2180-13-74

Moya, A., R. Gil, A. Latorre., J. Peretó, M.P. Garcillán-Barcia, F. de la Cruz (2009). Towards minimal bacterial cells: evolution versus design. FEMS Microbiol. Rev. 33:225-235. doi: 10.1111/j.1574-6976.2008.00151.x

Moya, A., J. Peretó, R. Gil, A. Latorre (2008). Learning how to live together: genomic insights into prokaryote-animal symbioses. Nature Rev. Genet. 9:218-229. doi:10.1038/nrg2319 

Tamames, J.*, R. Gil*, A. Latorre, J. Peretó, F.J. Silva, A. Moya (2006). The frontier between cell and organelle: genome analysis of Candidatus Carsonella ruddii. BMC Ecol. Evol. 7:181. doi: 10.1186/1471-2148-7-181 *Equal contribution.

T. Gabaldón, J. Peretó, F. Montero, R. Gil, A. Latorre, A. Moya (2007). Structural analyses of a hypothetical minimal metabolism. Phil. Trans. R. Soc. B. Biol. Sci. 362:1751-1762. doi:  10.1098/rstb.2007.2067

Pérez-Brocal, V., R. Gil, S. Ramos, A. Lamelas, M. Postigo, J. M. Michelena, F. J. Silva, A. Moya, A. Latorre (2006). A small microbial genome: the end of a long symbiotic relationship? Science 314:312-313. doi: 10.1126/science.1130441

Gil, R., F. J. Silva, J. Peretó, A. Moya (2004). Determination of the core of the minimal bacterial gene set. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 68: 518-537. doi: 10.1128/MMBR.68.3.518-537.2004

Gil, R., B. Sabater-Muñoz, A. Latorre, F. J. Silva, A. Moya (2002). Extreme genome reduction in Buchnera spp.: towards the minimal genome needed for symbiotic life. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 4454-4458. doi: 10.1073/pnas.062067299

[Biografia, versió en valencià]

Llicenciat en Farmàcia per la Universitat de Sevilla (1992) i Doctor per la mateixa universitat (1998) després de la defensa de la tesi doctoral titulada ‘La microbiota de la Mar Morta: 50 anys després’ i dirigida per A. Ventosa. Durant la seua formació predoctoral va realitzar estades curtes en el Departament de Genètica Molecular del Forsyth Dental Center, Boston (Massachusetts, els EUA) amb B.J. Paster i F.E. Dewhirst (1995), i en el Departament de Microbiologia de la Universitat Tècnica de Munic (Alemanya) amb H.K. Schleifer i W. Ludwig (1996). A més, en 1995 va ser alumne del curs d'estiu ‘Microbial Diversity’ en el Marine Biological Laboratory, Woods Hole (Massachusetts, els EUA). Una beca postdoctoral li va permetre estar dos anys més en la TUM (Alemanya). De retorn a Espanya va treballar en la Universitat de Sevilla i en l'Institut Valencià d'Investigacions Agràries (València). En 2004 va ser beneficiari d'un contracte del programa Ramón y Cajal amb el qual es va incorporar en la Universitat de València en la qual s'ha estabilitzat fins a aconseguir el nivell de Catedràtic d'Universitat.
L'activitat investigadora en els primers anys va abastar l'estudi de microorganismes halòfils extrems i moderats (arqueus i bacteris) mentres que en l'actualitat s'enfoca principalment en els bacteris marins, però en la seua trajectòria ha treballat amb molts altres grups fisiològics o taxonòmics: bacteris de l'àcid làctic, fitopatògenes, d'aigua dolça, fixadores de nitrogen, termòfiles, actinomicets, simbionts. L'orientació d'estos treballs és principalment taxonòmica, havent descrit més de cent tàxons de procariotes, però també contemplant aspectes com ara l'anàlisi filogenètica, diversitat i ecologia microbiana, desenvolupament de mètodes d'identificació i detecció, genòmica comparada, conservació de soques, potencial biotecnològic, seguretat alimentària i patogènesi. Fins i tot, des de la nomenclatura de procariotes, ha abordat aspectes socials, en concret l'anàlisi del biaix de gènere en la formació de noms epònims (els que honren a persones).

I obtained my Bachelor, Postgraduate and PhD degrees in the University of Valencia, Spain. My doctoral research focused on the role of pattern recognition receptors expressed by hematopoietic stem and progenitor cells in the detection of Candida albicans and the emergency myelopoiesis response. I was awarded with a “Outstanding PhD Thesis” from the University of Valencia.

In 2011, I joined the Regenerative Medicine Institute at Cedars-Sinai Medical Center, Los Angeles, USA, as a postdoctoral fellow. During this time, I studied the differentiation and function of myeloid cells (macrophages, dendritic cells and neutrophils) with specific application to anti-microbial immunity, neurodegenerative diseases and cancer. I obtained a Young Investigator Award from the International Endotoxin and Innate Immunity Society, a Careers in Immunology Fellowship Award by The American Association of Immunologists and a Career-Enhancement Award from the American Society of Hematology.

In 2018, I established my independent research group at Cedars-Sinai Medical Center as an Assistant Professor. In 2019, I received a Ramón y Cajal award from the Ministry of Education and Science, Spain, and I moved back to the University of Valencia, Spain.

My lab is interested in: 1) defining the cellular and molecular pathways activated for emergency myelopoiesis in hematopoietic stem and progenitor cells during candidiasis, 2) unveiling the mechanisms of innate trained immunity induced by fungal infections, and 3) studying the use of microbial components to induce terminal differentiation of malignant cells in some hematologic disorders, such as acute myeloid leukemia and myelodysplastic syndromes.