Logo de la Universdad de Valencia Logo Servicio Central de Soporte a la Investigación Experimental (SCSIE) Logo del portal

El análisis genómico y transcriptómico de célula única permite analizar el contenido en DNA o RNA de una célula individual, sin necesidad de un cultivo previo. En la Sección de Genómica está instalado el equipo Chromium Controller.

Está basado en la tecnología NEXT GEM de 10X Genomics, en la que se encapsulan las células junto con Gel Beads en vesículas denominadas Gel Beads en Emulsión (GEMs). Estas actúan como vesículas de reacción individuales donde la muestra es etiquetada. Este marcaje se consigue gracias a que cada Bead contiene millones de oligonucleótidos marcados con secuencias barcode. La plataforma utiliza la tecnología microfluídica para encapsular, procesar y analizar desde cientos hasta millones de células. Para ello, utiliza un protocolo de encapsulado de célula única en gotas/beads individuales y marcaje de cada célula individual con un código de barras molecular y con los reactivos necesarios para proceder a la identificación de dianas y su amplificación. El equipo es capaz de encapsular y procesar, en cada carrera, hasta 80.000 células individuales con una eficiencia de captura hasta el 65%. La tecnología de captura de células únicas tiene una tasa de captura de dobletes (2 células encapsuladas a la vez) inferior al 1% por cada 1000 células. El chip microfluídico que utiliza el Chromium es compatible con un amplio rango de tamaños y tipos celulares eucariotas (cultivos celulares adheridos, cultivos celulares en suspensión, tejidos, sangre total…etc.). Los productos marcados se agrupan para las reacciones posteriores para crear genotecas compatibles con equipos de secuenciación masiva de lectura corta como los equipos de Illumina.

Aplicaciones:

  • Analizar cambios en el transcriptoma, a nivel de célula única, mediante el análisis de ARN 3’, proporcionando un perfil de expresión génica digital en poblaciones celulares complejas.
  • Analizar, además del transcriptoma, el fenotipo de las células individuales mediante la detección de proteínas con el uso de una combinación de anticuerpos previamente seleccionada.
  • Analizar además del transcriptoma, los reordenamientos del TCR y de las Inmunoglobulinas de células B para poder llevar a cabo un estudio de immune profiling, detectando clonalidad, diversidad y especificidad de antígenos en el contexto de cada célula individual.
  • Permite llevar a cabo estudios de accesibilidad de la cromatina (Assay for TransposaseAccessible Chromatin, ATAC) a nivel de célula individual, pudiendo detectar regiones abiertas de la cromatina (sitios de inicio de transcripción y regiones reguladoras).
  • Multiome (Single Cell 3’ RNA Gene Expression + Single Cell ATAC). Estudio simultáneo del perfil de expresión génica y las regiones abiertas de la cromatina a nivel de célula única. La combinación de ambas soluciones, permite explorar las interacciones reguladoras de genes que impulsan la diferenciación celular, el desarrollo o enfermedades.
  • Targeted Gene Expression. Permite el estudio del perfil de expresión génica de un determinado grupo de genes específicos a nivel de célula única, ya sea por uso de paneles prediseñados o bien personalizados (custom panels), permitiendo de este modo además una reducción de los costes de secuenciación.

La utilización del equipo está restringida al personal de la sección de Genómica del SCSIE. Contactad con la Sección para proponer un proyecto y solicitar un presupuesto.