El Departamento de Calidad Ambiental y Suelos resulta de la fusión de los Departamentos de Degradación y Conservación de Suelos y de Planificación Territorial, aprobada en Junta de Centro el 15 de octubre de 2018 (estructura pendiente de aprobación y formalización en el Convenio).

En la actualidad, sus líneas de investigación se centran en profundizar en el conocimiento, evaluación y seguimiento de la calidad ambiental del territorio, y de los suelos como componente fundamental de este, distribuidas en tres ejes. Eje 1: estudio de los procesos de la desertificación en ambientes mediterráneos (principalmente, erosión, contaminación, salinización, variaciones en el almacenamiento de carbono y de la biodiversidad edáfica) a través de diferentes factores, como cambios de usos del suelo, incendios forestales y cambio climático. Eje 2: contaminación del medio, donde se estudian las fuentes de degradación ambiental actuales y su posible proyección futura a distintas escalas, se realiza la evaluación de los riesgos, y se desarrollan nuevas metodologías analíticas para la detección simultánea de diferentes contaminantes, sus metabolitos y su huella en los sistemas acuáticos (incluyendo la biota). Eje 3: estudio de los sistemas agroecológicos mediterráneos, la influencia de la gestión del suelo y la biodiversidad de los cultivos en la prestación de servicios ecosistémicos para lograr una agricultura sostenible.