Segles XVII i XVIII 
Projecte per a la façana de la biblioteca universitària. Joaquim Martínez, 1790
El desenvolupament constructiu més important del segle XVII és la nova porta principal de la Universitat que havia de substituir la primitiva, situada als peus de la capella, a la plaça del Patriarca, i que “confrontaba con el orno que sale al patio de dentro“ (Orellana).
L’arquebisbe Joan de Ribera va obtenir del Consell municipal que s’havia de llevar per sempre i s’havia de tapiar amb maó i morter, i sufragà la construcció de la nova porta, que donava al carrer de la Universitat, la qual “se tuvo por única puerta principal, la qual tiene sobre su portada un escudo grande de piedra con las armas de la Ciudad“. Aquesta porta va servir durant el segle XVIII d’accés a la Reial Acadèmia de Sant Carles, instal·lada llavors en aquest sector de l’edifici. Quan aquesta es va traslladar es va endur l’escut, avui encastat sobre la porta pincipal del Museu de Belles Arts de Sant Pius V.
L’erecció dels col·legis majors va contribuir a crear l’ambient universitari de la barriada. El de la Presentació en fou el primer, dotat per l’arquebisbe Tomàs de Villanueva l’any 1550 per afavorir deu pobres que aspirassen a ser sacerdots. També per a teòlegs n’hi hagué dos de patronatge particular; el de l’Assumpció o de Na Monforta (1561), i el de la Purificació o de Rodríguez (1572). El millor dotat de tots fou el del Corpus Christi, creat el 1594 per Joan de Ribera. Felip II va manar erigir el 1563 el de Sant Jordi, per a religiosos de l’orde de Montesa, i el doctor Melcior de Villena el dels Sants Reis (1643), per a estudiants de teologia i medicina.
A principi del segle XVIII, l’afany d’embellir l’edifici i d’augmentar el prestigi de la institució portà a la realització de millores importants: casa rectoral, teatre acadèmic i capella, contemporànies de la Memoria histórica de la fundación y progresos de la insigne Universidad de Valencia (1730), publicada pel rector Francesc Ortí, primer historiador de la nostra universitat, i de les noves Constitucions de 1733. 
El teatre acadèmic, marc de les reunions del Claustre i de solemnes debats, va ser regularitzat i ampliat amb l’adquisició d’uns horts contigus a Ferran Bonavida, segons el projecte de Felip Rubio de 1733 que el va dotar d’una doble entrada des del pati rectoral. La seua grandiosa volta enrajolada, reforçada amb una arcada sostinguda per potents estreps, va ser decorada amb motllures pintades amb artifici; les parets van ser revestides amb retrats i inscripcions de personatges i·lustres.
Projecte per al teatre acadèmic (Paranimf), obra de Felip Rubio, 1732.
La capella, engrandida i reedificada en estil classicista per Miquel Martínez va provocar l’entusiasme del cronista Esclapés, que escriu: “concluida en el día 15 de Octubre de 1737, es una preciosa perla y abrigando en su altar a la Soberana Aurora de la Sapiencia, la constituye más majestuosa y excelente”. (Resumen histórico de la fundación y antiguedad de Valencia, 1738.)
Detall del plànol de València de Vicent tosca (1738), on es pot veure l'entorn urbà de l'Estudi General
