La colección de minerales está formada por ejemplares de todas las clases mineralógicas tanto españoles como del resto del mundo. Cabe destacar una interesante representación de minerales de la Comunidad Valenciana con minerales de grandes dimensiones y excepcionales cristales. Aunque el origen de los minerales son principalmente campañas de campo y donaciones particulares, también existen ejemplares de gran valor histórico y otros extremadamente valiosos por el yacimiento de procedencia, como por ejemplo las famosas piritas de Navajún (La Rioja) o los Jacintos de Compostela, una variedad de cuarzo hematoideo característico del área levantina.
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