La PCR en temps real és una tècnica que combina l'amplificació i la detecció en un mateix pas, en correlacionar el producte de la PCR de cadascun dels cicles amb un senyal d'intensitat de fluorescència. Estan compostos per un termociclador acoblat a un sistema òptic, que monitora el senyal dels fluoròfors usats per a detectar el producte amplificat. Pel fet que la fluorescència d'aquests augmenta conforme el producte s'amplifica, es combinen els processos d'amplificació i detecció en una sola etapa.

Aquesta tècnica posseeix característiques importants com són alta especificitat, ampli rang de detecció i rapidesa en la visualització del producte.

Els sistemes de PCR en temps real inclouen un termociclador i una unitat capaç de detectar senyals fluorescents per a monitorar el progrés de la reacció d'amplificació, així com un programari per a l'anàlisi de les dades.

Els fluoròfors utilitzats per a seguir l'amplificació de l'ADN durant la PCR en temps real poden ser amb afinitat per l'ADN (SYBR Green) o sondes específiques per a fragments de l'ADN (sondes Taqman).

L'equip QuantStudio™ 5 posseeix filtres per als següents espectres de fluoròfors: blau (FAM™ i SYBR™), verd (VIC™), groc (ABY™, NED™, i TAMRA™), taronja (JUN™ i ROX™) i roig (Cy®5 i MUSTANG PURPLE™).