L'estructura de la Fundació General de la Universitat de València està basada en programes mitjançant els quals es desenvolupen els diferents projectes.
Compta amb el Patronat, que és l'òrgan de govern, administració i representació de la Fundació.
Les seues funcions fonamentals són, entre unes altres, l'establiment de les línies generals de funcionament, la selecció dels beneficiaris i l'aprovació dels plans d'actuació, els programes i els comptes anuals de l'Entitat.