Aquest Programa Científic té com a objectiu llançar llum sobre els mecanismes mitjançant els quals els organismes aconsegueixen un grau alt d'integració metabòlica i genètica amb els seus hostes durant el procés de simbiosi mútua. Els bacteris endosimbiòtics (intracel·lulars, siguen obligades o facultatives) d'insectes i el seu microbiota intestinal representen els models experimentals preferits.
Els enfocaments científics inclouen la seqüenciació de genoma i la metagenómica, així com anàlisis comparatives, evolucionarios i funcionals (transcriptómica, proteòmica i metabolómica). L'estudi funcional de xarxes complexes reguladores i metabòliques necessita noves eines bioinformáticas i teòriques.
