L'objectiu principal d'aquest programa és estudiar les interaccions moleculars en un sentit ampli. Aquestes oscil·len des de la identificació i anàlisi de xarxes reguladores, l'estudi de les interaccions físiques entre proteïnes o entre factors de transcripció i promotors, fins a la modificació en l'expressió i acumulació de ARNm i metabòlits.
A més de processos com la regulació transcripcional i traslacional, el Programa Científic també abordarà la regulació intervinguda per ARN no codificant i l'efecte d'estocasticitat en aquests processos. Finalment, també tenim com a objectiu analitzar aquestes interaccions en un context evolutiu.
El programa combina un enfocament experimental usant tècniques basades en òmiques i tècniques analítiques d'alt rendiment amb mètodes matemàtics i estadístics d'inferència i anàlisi.