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El origen del IUED fue el Seminari Interdisciplinar d’Investigació Feminista fundado en 1986 por un grupo de profesoras de nuestra Universidad, como resultado de la reflexión colectiva en el marco del feminismo sociopolítico y académico, y que tuvo su carta de presentación en el Encuentro Dona i Discurs Científic celebrado en 1987 en Valencia, con participación de investigadoras de diversos Seminarios Universitarios de Estudios de la Mujer. Las fundadoras fueron Ana Aguado (Historia Contemporánea), Ester Barberá (Psicología), Neus Campillo (Filosofía), Lola Castaño (Psicobiología), Pura Duart (Sociología), Isabel Martínez Benlloch (Psicología), M. Luisa Moltó (Economía), Isabel Morant (Historia Moderna), Rosa Pastor (Psicología), María Poveda (Sociología), Olga Quiñones (Sociología), Ana Sánchez (Lógica y Filosofía de la Ciencia), Julia Sevilla (Derecho Constitucional), Trini Simó (Historia del Arte) y Teresa Yeves (Trabajo Social).

La trayectoria de trabajo en común y colaboración interdisciplinar se consolidó con la creación del Institut Universitari d’Estudis de les Dones en febrero de 1991 (formalizada por decreto 175/1994 de 19 de agosto del Gobierno Valenciano, D.O.G.V. 1 de septiembre de 1994).