El IUED y sus integrantes han visto reconocida su trayectoria con diversos premios:

• Premio Isabel de Villena (Ayuntamiento de Quart de Poblet, IV edición): 12 de marzo de 2010.
• Premi a la Dona (Corts Valencianes): 7 de marzo de 2006.
• Premio de la Associació Dones Progressistes de la Comunitat Valenciana: marzo de 2002.
• Premio FECYT a la Promoción a la Igualdad en el Conocimiento, concedido a la Profesora Isabel Morant Deusa (octubre de 2007).

A propuesta del IUED en 2009, la Universitat de València concedió el doctorado honoris causa a la profesora Seyla Benhabib, catedrática de Filosofía y Ciencias Políticas de la Universidad de Yale, en 2010.