Les col·leccions de Micropaleontologia queden englobades en dos grans grups: Foraminífers i Conodonts.
Foraminífers
L'origen de la col·lecció de foraminífers té lloc a partir dels estudis realitzats sobre materials aflorants del Neògen marí tant de les costes del Mediterrani espanyol, com a internacionals, destacant les col·leccions de Bali i Nusa Lembogan, on abunden les formes d'aigües tropicals, de gran bellesa i grandària en algunes ocasions, considerable per a un organisme unicel·lular.
Conodonts
La col·lecció de conodonts es compon de restes fosfàtiques microscòpiques de l'aparell conodontal dels cordads primitius (conodonts), l'afinitat biològica dels quals encara és incerta, però que són extremadament importants en l'elaboració de les diferents teories sobre l'origen dels vertebrats. La col·lecció conté diversos holotips i materials de referència.
