Las colecciones de Micropaleontología quedan englobadas en dos grandes grupos: Foraminíferos y Conodontos.
Foraminíferos
El origen de la colección de foraminíferos tiene lugar a partir de los estudios realizados sobre materiales aflorantes del Neógeno marino tanto de las costas del Mediterráneo español, como internacionales, destacando las colecciones de Bali y Nusa Lembogan, donde abundan las formas de aguas tropicales, de gran belleza y tamaño en algunas ocasiones, considerable para un organismo unicelular.
Conodontos
La colección de conodontos se compone de restos fosfáticos microscópicos del aparato conodontal de los cordados primitivos (conodontos), cuya afinidad biológica todavía es incierta, pero que son extremadamente importantes en la elaboración de las distintas teorías sobre el origen de los vertebrados. La colección contiene varios holotipos y materiales de referencia.
