La estructura de la Fundació General de la Universitat de València está basada en programas mediante los cuales se desarrollan los diferentes proyectos.
Cuenta con el Patronato, que es el órgano de gobierno, administración y representación de la Fundación.
Sus funciones fundamentales son, entre otras, el establecimiento de las líneas generales de funcionamiento, la selección de los beneficiarios y la aprobación de los planes de actuación, los programas y las cuentas anuales de la Entidad.