Los siguientes institutos de investigación tienen una estrecha relación con los grupos de investigación de los Departamentos del Centro.
- Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva
- Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA)
- Centro de Investigaciones sobre Desertificación (CIDE)
- Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (IBMCP)
- Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV)
- Instituto de Neurociencias (IN)
- Instituto de Acuicultura Torre de la Sal (IATS)
