La Universitat de València, desde su creación en 1499 hasta el reinado de Fernando VII, estuvo gobernada, dirigida y sostenida económicamente por la ciudad de Valencia, motivo por el cual el Archivo Histórico Municipal de Valencia conserva un gran volumen de documentos generados por la universidad.
Poseemos escasa información sobre la organización del Archivo Universitario a lo largo de los siglos. Recientes estudios han dado luz a nuevas noticias sobre éste, como por ejemplo, el nombramiento en 1683, del pavorde Vicente Martínez de la Raga como archivero de las pavordías, con asignación de un salario y señalamiento de sus obligaciones como archivero. O, la creación del archivo de la Facultad de Medicina en 1712, y el nombramiento como archiveros de los doctores Vicente Bartolla y Matías Camarasa, quienes debían encargarse de los documentos pertenecientes al claustro médico que se hallaban depositados en la sacristía de la capilla de la Sapiencia.
Con las reformas ilustradas del siglo XVIII se introducen cambios en la Universidad que se reflejan en sus documentos históricos. Una Real Cédula de 1769 ordena que se realice un índice de todos los papeles que se encontraban en el Archivo de la Universidad, no será hasta 1779 cuando la Junta del Claustro General de Catedráticos, presidida por el canónigo y rector Joaquín Segarra, disponga que se realice este índice.
La Universitat de València adquirirá mayor autonomía con el Plan del rector Vicente Blasco de 1786, gestionando los fondos provenientes del ayuntamiento, con ello el Archivo Universitario verá aumentado el volumen de sus fondos y las tipologías de documentos.
Con las reformas liberales y la caída del sistema universitario del Antiguo Régimen, el Archivo pasará a depender del secretario de la Universidad. A medida que la universidad liberal va creciendo y consolidándose, los documentos aumentan, facilitando que en la actualidad podamos reconstruir con detalle la vida universitaria desde 1845-1857 hasta nuestros días. Las universidades pasan a formar parte de un sistema más centralizado y con tareas semejantes para todas. Este hecho repercutirá en que gran cantidad de documentos se encuentren en el Archivo General de la Administración de Alcalá de Henares.
A partir de la creación en 1858 del Cuerpo Facultativo de Archiveros y Bibliotecarios, los archivos universitarios serán servidos por el personal perteneciente a dicho cuerpo, gestionando los documentos procedentes de la Secretaria General y de las Facultades y Escuelas Universitarias, entre ellos Mariano Rubio y Borrás, destinado en 1890 al Archivo Universitario, le seguirán Luis Gonzalvo París, Vicente Ferraz Turmo y Joaquín Casañ Alegre, entre otros.
Durante el siglo XX el Archivo Universitario será una unidad de carácter general del Servicio de Información Bibliográfica. Actualmente el Archivo Universitario forma parte del Servicio de Bibliotecas y Documentación y está formado por el Archivo Intermedio y el Archivo Histórico.
