La reacción de reagrupamiento puede afectar a los enlaces entre los átomos del sustrato, generando un isómero de constitución, o consistir en un cambio sólo estructural, generando un estereoisómero. En ambos casos suele hablarse de isomerización. Debe notarse que, cuando las diferencias de energía entre distintas estructuras son muy pequeñas, se trata de confórmeros (por ejemplo, los alcanos, el H2O2, la hidrazina (NH2NH2) y se entiende que, a temperaturas ordinarias, existen todos en equilibrio dinámico en proporciones determinadas por sus estabilidades relativas y la temperatura. En este apartado solo se considerarán las transformaciones entre isómeros.