La Universitat de València ha elaborat un Sistema d'Assegurament de Qualitat específic per a l'Escola de Doctorat, basat en el sistema aprovat per als altres centres de la universitat en els quals s'imparteixen els estudis de grau i màsters oficials, el qual va obtenir una puntuació POSITIVA en el Programa AUDIT desenvolupat per l'ANECA.
S'ha decidit fer un sistema propi, donada la complexitat i especificitat d'aquest cicle educatiu, però sense desvincular-se del Sistema d'Assegurament Intern de Qualitat (SAIQ) dels altres centres de la universitat; per açò s'han seguit els mateixos paràmetres per a la seua aplicació, utilitzant-se la mateixa eina informàtica i les mateixes dimensions que se segueixen per a la implantació, avaluació i millora dels altres nivells educatius.