La Universitat de València ha elaborado un Sistema de Garantía de Calidad específico para la Escuela de Doctorado, basado en el sistema aprobado para los otros centros de la universidad en los que se imparten los estudios de grado y másteres oficiales, el cual obtuvo una puntuación POSITIVA en el Programa AUDIT desarrollado por la ANECA.
Se ha decidido hacer un sistema propio, dada la complejidad y especificidad de este ciclo educativo, pero sin desvincularse del Sistema de Garantía Interno de Calidad (SGIC) de los otros centros de la universidad; por ello se han seguido los mismos parámetros para su aplicación, utilizándose la misma herramienta informática y las mismas dimensiones que se siguen para la implantación, evaluación y mejora de los otros niveles educativos.