La Universitat de València posee un rico patrimonio científico y natural recogido en muy diversas colecciones, que abarca, desde instituciones museísticas reconocidas oficialmente, a colecciones creadas y utilizadas esencialmente en investigación y/o en docencia. Este patrimonio está asociado a su propia historia y se encuentra disperso por sus múltiples centros. No en vano, el Gabinete o Museo de Historia Natural de la Universidad de Valencia, fundado a mediados del siglo XIX, fue el segundo centro patrimonial y científico (únicamente detrás del Museo Nacional de Ciencias Naturales de Madrid) de importancia en el estado español. El Gabinete de Historia Natural estaba ubicado en la planta principal del ala sur del edificio histórico de la Universidad, actual Centro Cultural La Nave. Estuvo activo y fue enriqueciendo sus fondos hasta que el 12 de mayo de 1932 se produjo un devastador incendio que devoró gran parte de sus colecciones. De aquella catástrofe solamente pudieran rescatarse algunos ejemplares zoológicos y botánicos que la Universitat había ido recopilando a lo largo de cinco siglos, pero la mayoría de los fondos geológicos y paleontológicos se perdieron. Los ejemplares zoológicos taxidermizados se exponen ahora en la sala de zoología del nuevo museo.

El compromiso de la Universitat con su patrimonio se ve reflejado en el reconocimiento de dichas colecciones. Tal fue el caso del Museu de Geologia de la Universitat de València, centro museístico reconocido oficialmente tanto por la administración autonómica competente (Resolución 26/02/1996, DOGV 2.742), como por la propia Universitat de València como Museo Universitario. Fue el primer Museo universitario reconocido con estas categorías en España.

El Museo de Geología de la Universitat de València, con los años fue convirtiéndose en el Centro Oficial de depósito de Bienes Muebles, tanto en materia de geología y paleontología como de otros elementos relacionados con la Ciencia y la Historia Natural, de manera que el patrimonio científico y natural de la Universitat fue enriqueciéndose de manera continuada por fondos cada vez más heterogéneos. Es por ello que, desde la Universitat de València, surgió la iniciativa de reunir todas estas colecciones en un único espacio, aprovechando y optimizando recursos. De este modo, el Museo de Geología de la Universitat de València quedó reconvertido en el actual Museo de la Universitat de València de Historia Natural, tanto por parte de la Universitat de València (Acord Consell de Govern de la Universitat de València de 22 decembre de 2016) como por parte de la Conselleria de Educación, Investigación, Cultura de la Generalitat Valenciana. RESOLUCIÓN de 12 de abril de 2017.