L'institut va ser creat en 1985 pel professor José María López Piñero, catedràtic d'Història de la Medicina de la Universitat de València i el seu primer director, amb el nom d'Institut d'Estudis Històrics i Documentals sobre la Ciència. Comptava amb la Biblioteca i Museu Històric-metges, i el Centre de Documentació i Informació en Biomedicina És dirigit per la catedràtica de Documentació María Luz Terrada Ferrandis.
Els objectius del centre eren l'estudi de l'activitat científica espanyola i iberoamericana des de l'antiguitat, l'estudi dels sistemes mèdics, l'elaboració de repertoris bibliogràfics i documentals, l'obtenció d'indicadors de l'activitat científica i sanitària, la creació de bases de dades (entre elles l'IME, índex mèdic Español), el desenvolupament de sistemes d'informació mèdica, l'estudi de la terminologia científica i l'estudi de les necessitats d'informació científica i metgessa.
En 2008 l'institut va ser reestructurat, concentrant l'activitat investigadora en la història de la medicina i de la ciència, integrant la Biblioteca històric-mèdica Vicente Peset Llorca i el nou Museu d'Història de la Medicina i de la Ciència (actualment en fase d'organització), i adoptant l'actual denominació. L'objectiu de la remodelació va ser dotar al centre d'un nou projecte i identitat científica. Aquesta reestructuració va coincidir amb el trasllat del centre a l'actual seu en el recentment rehabilitat Palacio Cerveró, edifici històric propietat de la Universitat de València.
Els antecedents de l'institut van ser l'Institut d'Història de la Medicina, creat pel professor López Piñero en els anys 70 sota l'empara de la Institució Alfons el Magnànim de la Diputació de València, el Seminari d'Història de la Medicina i la Càtedra d'Història de la Medicina de la Universitat de Valéncia, que van anar el germen de l'actual institut.
Els objectius de l'institut són:
Desenvolupar i fomentar l'activitat investigadora en el camp dels estudis històrics i socials sobre la medicina i la ciència.
Impartir docència de postgrau (màster i doctorat) en l'àmbit de la història de la ciència i la comunicació científica, en el marc dels Programes Oficials de Postgrau de la Universitat de València.
Realitzar activitats de divulgació i difusió de la cultura científica.
Conservar, estudiar i difondre el patrimoni històric-metge i històric-científic, mitjançant la digitalització de textos impresos, la catalogació i estudi de la col·lecció d'instruments mèdics i científics, i la difusió del fons bibliogràfic i documental.
