GIUV2024-598
La genómica de células individuales microbianas (GCIM) representa una metodología innovadora para estudiar la diversidad microbiana y la simbiosis entre los microbios.Nuestro grupo también trabaja en esta línea de investigación, que nos permite obtener genomas de microbios con características de nuestro interés, o detectar relaciones entre microbios que se encuentran uno dentro de otro, o adheridos entre sí. Podemos descubrir nuevos linajes taxonómicos y nuevas relaciones simbióticas entre microbios.Típicamente, el flujo de trabajo de la genómica de células individuales microbianas comienza con la clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) para recolectar las células bacterianas de interés, en función de su tamaño celular, su granularidad interna o su fluorescencia adquirida por sondas específicas, que se analiza por el instrumento FACS a una velocidad de varios miles de células por segundo. Las células se colocan por separado en placas de 96 o 384 pocillos, o se encapsulan individualmente, y el ADN se extrae mediante lisis alcalina. Después, se aplica una mezcla de reactivos para enriquecer el ADN por amplificación del genoma completo. Los femtogramos de ADN de...La genómica de células individuales microbianas (GCIM) representa una metodología innovadora para estudiar la diversidad microbiana y la simbiosis entre los microbios.Nuestro grupo también trabaja en esta línea de investigación, que nos permite obtener genomas de microbios con características de nuestro interés, o detectar relaciones entre microbios que se encuentran uno dentro de otro, o adheridos entre sí. Podemos descubrir nuevos linajes taxonómicos y nuevas relaciones simbióticas entre microbios.Típicamente, el flujo de trabajo de la genómica de células individuales microbianas comienza con la clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) para recolectar las células bacterianas de interés, en función de su tamaño celular, su granularidad interna o su fluorescencia adquirida por sondas específicas, que se analiza por el instrumento FACS a una velocidad de varios miles de células por segundo. Las células se colocan por separado en placas de 96 o 384 pocillos, o se encapsulan individualmente, y el ADN se extrae mediante lisis alcalina. Después, se aplica una mezcla de reactivos para enriquecer el ADN por amplificación del genoma completo. Los femtogramos de ADN de una célula se amplifican hasta las cantidades requeridas por los kits de preparación de genotecas de secuenciación estándar. El contenido de cada célula individual se secuencia por separado, dando lugar a los denominados genomas individuales amplificados (single-amplified genomes SAGs). Nuestro grupo domina una amplia variedad de técnicas genómicas.Por ejemplo, a menudo combinamos el flujo de trabajo de la genómica de células individuales microbianas con la metagenómica, que nos proporciona información sobre la composición de la comunidad microbiana y las características genómicas de los genomas ensamblados del metagenoma obtenidos mediante el binning de los contigs (metagenome assembled genomes MAGs). Si las muestras contienen muchas células de los hospedadores, como los tejidos de animales o humanos, evaluamos la composición microbiana mediante la secuenciación de amplicones de ADN ribosomal 16S.Además, para verificar nuestras observaciones basadas en la secuencia, a menudo utilizamos técnicas de cultivo tradicionales. Nuestro grupo investiga microbios que tienen importancia en biomedicina, biorremediación, industria farmacéutica etc.
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- Análisis de interacciones entre bacterias y bacteriófagos
- Descubrir nuevos linajes taxonómicos microbianos
- Explorar relaciones simbióticas entre microbios
- Investigar que microbios pueden tener importancia en biomedicina, biorremedación e industria farmacéutica.
- Optimització de mètodes de genòmica de cèl·lules individuals microbianes. Exploración de nuevas estrategias para obtener información genómica de alta calidad a nivel de células individuales microbianas. Esto incluye el uso de tecnologías de secuenciación avanzadas y el desarrollo de enfoques innovadores para la manipulación y análisis de células a nivel individual.
| Nom | Caràcter de la participació | Entitat | Descripció |
|---|---|---|---|
| María Dzunkova | Director-a | UVEG-Valencia | Investigador-a Distinguit-da Exper. Internacional |
| Equip d'investigació | |||
| Dafne Porcel Sanchis | Membre | UVEG-Valencia | Investigador-a en Formació Conselleria ACIF |
| Juan Valero Tebar | Membre | UVEG-Valencia | Investigador-a en Formació Conselleria ACIF |
| Inés Alberola Mora | Col·laborador-a | UVEG-Valencia | Tècnic-a Mitjà Programa Investigació 2022 |
| Oleanna Guerra Font | Col·laborador-a | UVEG-Valencia | Oficial de Laboratori Cdeigent |
| Alicia Ortiz Maiques | Col·laborador-a | UVEG-Valencia | Investigador-a no Doctor-a UVEG A1 |
