El Jardí Botànic també dedica els seus esforços a la recerca, donat que acull part de la investigació de l’IBiBe (Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia evolutiva). A través dels diferents departaments s’estudien aspectes com la diversitat vegetal, la conservació de les espècies rares, endèmiques o amenaçades de la flora mediterrània o la conservació dels hábitats naturals.

A més, fomenta la divulgació de la cultura botánica mitjançant seminaris, congressos i jornades desenvolupades per especialistes en el camp de la botánica i la conservació.