No està definitivament establert l’origen del Tribunal de les Aigües. Tot i que els indicis el situen en època andalusina, “en temps de sarraïns”, la total oralitat del procediment ha dificultat, òbviament, la possibilitat de conéixer-ne el moment concret del naixement, així com l’evolució, les possibles modificacions, l’adaptació als canvis d’època i de sistemes polítics, etc... 

Tot i així, no hauríem de menystenir l’aparició de notícies sobre séquies en el època andalusí que probablement evidenciarien la conseqüent existència d’una institució reguladora, com a precursora del Tribunal. Un exemple d’aquestes notícies seria la que apareix al segle XI on Mubarak i Mudaffar, coneguts com a reis-sequiers, es proclamen com a reis de la primera taifa valenciana. Reis-sequiers, o <<funcionaris que controlaven el sistema de regs de València>>, segons cròniques musulmanes, que, tot i la inconcreció de les fonts, podrien evidenciar un sistema de govern i gestió del sistema de reg de l’Horta de València. 

La primera notícia segura sobre el Tribunal de les Aigües data del 19 de gener del 1251, on Jaume I emet un privilegi sobre les funcions i obligacions dels sequiers del terme de la ciutat de València, concretament sobre la neteja, escura i revisió anuals dels canals, les obligacions dels sequiers - com per exemple, de reparar els assuts i partidors del riu, de vigilar que els hereters tornen l’aigua dels braçals a la séquia mare quan no reguen, de netejar els braços secundaris que passen vora les seues parcel·les o la prohibició de llençar l’aigua sobre els camins -, l’arrendament del treball de sequier en subhastes i les condicions d’aquestes, o sobre el sistema punitiu vers els sequiers.  Aquest manament evidencia una regulació per part del poder feudal sobre les séquies de tradició musulmana i una professionalització del reg, concretada en la figura dels sequiers. Aquest mateix document conté una cita sobre l’existència d’un tribunal de sequiers, la “curia cequiarum”, per gestionar-ne la relació amb els regants.

Un altre document, datat del 2 de setembre de 1456, relata un pleit entre dos suposats sequiers de la séquia de Favara, amb la intermediació del Lloctinent del Governador del Regne de València, amb la menció d’un espai públic conegut pels sequiers de la vega de València i on s’hi impartia justícia: la plaça de la Seu, davant la porta dels apòstols. 

Amb les ordenances de la séquia de Favara, 1690-1701, s’estableix la jerarquia de les comunitats de regants de l’Horta de València, així com la convocatòria setmana dels dijous a la dita plaça de la Seu. Les figures del síndic de la comuna - propietari, llaurador i amb funcions de vigilància, supervisió i actuació materials de l’assut i els canals, entre altres - i el séquier - organitzador del reg entre els braços i camps de la comuna, entre altres -, queden establertes i delimitades entre si. 

La importància del síndic i del séquier destaca especialment per les seues funcions judicials, amb l’obligació d’acudir cada dijous a la plaça de la catedral a impartir-les. Per tal de resoldre qualsevol conflicte entre ambdòs càrrecs, s’establia per llei la intervenció dels cinc elets de la Junta de Govern, resultant-ne un primerenc tribunal específic de la séquia de Favara. 

El debat historiogràfic ha estat servit des del segle XIX, quan Francesc Xavier Borrull, el 1831, arran del debat sobre l’abolició de les jurisdiccions feudals, va descartar l’origen romà del tribunal tal com hui el coneixem, però seguint Garcia Escolano (cronista del segle XVII), n’atribuïa, sense proves, la fundació al califa Abd al-Rahman III o al seu fill Al-Hakam II, al voltant del 960 dC. 

Tot i que aquest origen islàmic ha fet fortuna al llarg dels segles XIX i XX, encara no disposem de proves concloents, més enllà de les notícies esmentades. Això no va impedir que durant el règim franquista, el 1960, i sota l’impuls de Vicente Giner Boira, llavors assessor jurídic del tribunal, es commemorara el Mil·lenari de la institució. 

Thomas Glick, historiador estudiós dels regs valencians, va concloure a mitjan segle XX que la institució seria el fruit d’una llarga evolució, més que d’un acte fundacional concret, ja que la jurisdicció pertanyeria als sequiers. Així ho demostrarien documents diversos del segle XV (1418, 1435, 1456), on fins i tot apareixen referències a les reunions de dijous a la porta dels Apòstols de la Seu. Haurem d’esperar, però, el 1701 per trobar explicat amb detall l’organització d’una d’aquestes comunitats de regants de l’Horta de València (Ordenances de la séquia de Favara) i de la seua representació en les sessions de la Seu, on acudirien dos jutges representants: el sequier i el síndic. No serà fins al segle XIX (Ordenances de la séquia de Tormos, 1843) que trobarem que la comuna hi envia només un representant. El Tribunal adquireix, per tant, en aquest moment la fesomia que té en l’actualitat.

El 1879, el rei Alfons XII va promulgar la Llei d'Aigües, la qual va confirmar l'existència i els privilegis del Tribunal. A més, en va recollir l’organització per a implantar-la com a model als Jurats de Reg de totes les comunitats regants d'Espanya.