Servicios que se ofrecen
- Análisis de fragmentos:
- Análisis de marcadores moleculares:
- Cualitativo: determinación del tamaño de fragmentos de ADN mediante electroforesis capilar y detección de fluorescencia. Análisis de STRs, VNTRs, AFLPs, etc.
- Semicuantitativo: análisis de MLPAs (Múltiplex Ligation-dependent Probe Amplification).
- Identificación molecular de individuos: obtención del perfil genético de muestras de ADN humanos con distintas procedencias (forenses, bancos de tejidos, etc).
- Otros análisis: SNPs, SNaPshot, etc.
- Análisis de marcadores moleculares:
- Proyectos de estudios de biodiversidad mediante el análisis de marcadores moleculares
- Determinación y análisis de la variación genética de marcadores moleculares aplicados al estudio de especies determinadas.
- Identificación de OMGs:
- Caracterización e identificación mediante técnicas de PCR de Organismos Genéticamente Modificados
Análisis de fragmentos
Mediante las técnicas de genotipado, se pueden visualizar muchos fragmentos de DNA amplificados simultáneamente y obtenerse de esta manera patrones de bandas o fingerprints que pueden ser utilizados en muchas aplicaciones, como la identificación de muestras específicas de DNA.
Preparación de muestras para análisi de fragmentos
- Enviar al menos 10 μl de la reacción de PCR en la que se ha efectuado el marcaje o de la dilución correspondiente.
- Indicar el rango de tamaños esperado para los fragmentos.
- Indicar los fluoróforos utilizados en el marcaje de los cebadores.
Fluoróforo | Color | Max A (nm) | Max E (nm) |
---|---|---|---|
6-FAM ™ | Azul | 494 | 522 |
JOE ™ | Verde | 528 | 554 |
HEX ™ | Verde | 535 | 553 |
VIC ® | Verde | 538 | 554 |
NED ™ | Amarillo | 546 | 575 |
Cy3C | Amarillo | 550 | 550 |
PET ® | Rojo | 558 | 595 |
ROX ™ | Rojo | 587 | 607 |
LIZ ® | Naranja | 638 | 655 |
- Las combinaciones de fluoróforos compatibles con los equipos que existen en el servicio son las siguientes:
Matriz | Azul | Verde | Amarillo | Rojo | Naranja | Aplicación |
---|---|---|---|---|---|---|
D | 6-FAM ™ | HEX ™ | NED ™ Cy3C |
ROX ™ | Genotipado y microsatélites | |
F | 6-FAM ™ | JOE ™ | NED ™ | ROX ™ | Perfiles genéticos | |
G5 | 6-FAM ™ | VIC ® | NED ™ | PET ® | LIZ ® | Genotipado y microsatélites |
E5 | dR110 | dR6G | dTAMRA ™ | dROX ™ | LIZ ® | SNaPshot |
- Los marcadores de tamaño disponibles en el servicio son los siguientes:
- ROX-500 para fragmentos de hasta 500 pb.
- ROX-400 HD para fragmentos de hasta 500 pb.
- ROX-2500 para fragmentos de hasta 2500 pb.
- LIZ-500 para fragmentos de hasta 500 pb.
Los marcadores con el fluoróforo ROX se pueden utilizar con los filtros D y F y el marcador con el fluoróforo LIZ con los filtros G5 y E5.
Entrega de resultados
- El plazo de entrega del resultado de análisis de fragmentos es de 5 días desde la fecha de recepción.
- Los resultados pueden ser transferidos electrónicamente.
- El programa Peak Scanner para la visualización de los resultados se encuentra disponible.
Devolución de materiales
Los productos de PCR sobrantes serán conservados un máximo de cuatro semanas a disponibilidad del usuario y se devolverán previa petición expresa del mismo. Tras este periodo se eliminarán.
Proyectos de marcadores moleculares
Desarrollo de proyectos específicos propuestos por el usuario que requieran la determinación y análisis de la variación genética mediante el uso de marcadores moleculares. Previamente se realizará la evaluación de los marcadores (microsatélites, genes nucleares, organulares, etc.) y métodos más adecuados al proyecto (secuenciación, AFLPs, VNTRs etc.). Por lo que se refiera al estudio de la variación, serán de aplicación los métodos relacionados con la extracción de DNA o RNA de los distintos tipos celulares y tejidos que se requieran, electroforesis, técnicas de amplificación por PCR, clonación, preparación de reacciones de secuenciación, diseño de cebadores, editado y corrección de secuencias obtenidas, alineamiento y análisis filogenético.
Las solicitudes se realizarán por la plataforma LIMS. En la solicitud se realizará una breve descripción del proyecto dónde se indique necesariamente: organismo de estudio, tipo de muestra susceptible del análisis genético y estado de conservación de la misma (fresco, alcohol, acetona etc.), tipo de marcador molecular requerido (si se conoce) y/o problema concreto a resolver, así como cualquier otra información que el usuario considere relevante para la realización del proyecto.
Identificación de OMGs
Identificación de organismos transgénicos mediante técnicas de PCR:
- Análisis cualitativo: determinación de la presencia de material transgénico en cualquier tipo de muestra.
- Análisis cuantitativo: determinación del porcentaje de material transgénico que contiene la muestra.
La identificación se puede realizar a partir de DNA obtenido por el usuario o se puede realizar en nuestro laboratorio la extracción de DNA a partir de muestras de tejido.