Disseny del laboratori de microbiologia clínica
ASSIGNATURA 1. DISSENY DEL LABORATORI DE MICROBIOLOGIA CLINICA
(Juan José Camarena)
1.1.-El laboratori del Servei de Microbiologia Clínica com a eina de diagnòstic de les malalties infeccioses: Recomanacions generals; Peculiaritats i necessitats específiques; Noves tecnologies; Atenció continuada; Introducció als models actuals de disseny i gestió.
1.2.- Aspectes estructurals: Espais; Senyalització; Materials i instal·lacions; Normativa sobre aquest tema; Estructura i fluxos de treball segons model de laboratori.
1.3.- Àrees i/o Departaments específics: Administració; Presa de mostres; Recepció i sembra; Àrees de treball específiques; Àrea de cuina i esterilització: Àrea d'emmagatzematge.
1.4.- Modernització de laboratoris en àrees específiques: Automatització i integració del laboratori de Microbiologia: Laboratoris de Seguretat; El laboratori de microbiologia molecular.
1.5.- Implementació dels laboratoris Point-of-Care (POC) en Microbiologia Clínica: POC Test i diagnòstic sindrómico: Instruments, localització i espais.
1.6.- Models de laboratoris de Microbiologia Clínica actual: Serveis de Microbiologia autònoms vs. Unitats de Microbiologia; El model integrat en Centres de Diagnòstic Biomèdic. Laboratoris core: aportacions i desavantatges per a la microbiologia clínica. Estratègies de diferenciació.
1.7.- Aspectes de disseny associats a Bioseguretat en el laboratori: Normes específiques en les diferents àrees de treball; Avaluació de risc físic, químic i/o biològic. Gestió de residus.
Tècniques diagnòstiques
(Germán Bou Arevalo)

Cap de servei de Microbiologia
Complex Universitari de la Corunya

2.1.-Mètodes fenotípics: microscòpia, característiques macroscòpiques, cultius, proves bioquímiques, resistència a compostos, sistemes manuals, automatitzats etc
2.2-Mètodes moleculars:
2.2.1- Diana específica: #ARN 16S, rpoB, gyrB, altres dianes espècie-específiques etc
2.2.2-Proves/emplafones sindrómicos: metodologia, aspectes diferencials, pros/cons..
2.2.3-Next Generation Sequencing (NGS) aplicada al diagnòstic
3.-Mètodes proteómicos. Sistemes comercials disponibles, i aspectes diferencials entre ells. Pros/cons
4.- Mètodes serològics i/o detecció d'antígens
5.-Mètodes Point-of-Care
6.-Nanotecnologia diagnòstica en microbiologia
6- Uns altres: detecció compostos volàtils, fluorescència.
Avaluació de la sensibilitat a antimicrobians i detecció de resistència microbiana
Rafael Cantón
Cap de servei de Microbología
Hospital Universitari Ramón y Cajal

3.1.- Concepte de sensibilitat i de resistència. Resistència intrínseca i adquirida.
3.2.- Mètodes d'estudi de sensibilitat als antimicrobians. Comités d'interpretació del antibiograma i punts de tall. Interpretació i lectura interpretada del antibiograma.
3.3. Estudi de combinacions d'antimicrobians.
3.4. Estudi de sensibilitat en bacteris en creixement en biopelículas
3.5. Nous mètodes en l'estudi de sensibilitat als antimicrobians, incloent mètodes ràpids
3.6. Detecció de mecanismes de resistència (mètodes moleculars, espectrometria de massa, inmunocromatografía, ).
3.7. Detecció de pacients colonitzats o infectats per microorganismes multiresistents. Cultius de vigilància epidemiològic i mètodes moleculars.
3.8. Mètodes d'estudi de tipificació de microorganismes. Estudi de brots en el laboratori de Microbiologia. Anàlisi bioinformático.
Investigació del microbioma en el diagnòstic de les malalties infeccioses
Jordi Vila
Address:Department of Microbiology
University of Barcelona
School of Medicine

Current position:

- Full Professor, Department of Microbiology, School of Medicine, University of Barcelona.
- Head of the Department of Clinical Microbiology, Hospital Clinic, Barcelona, Spain.
- Research Professor in the Institut of Global Health of Barcelona (ISGlobal).

4.1 Microbioma: Concepte i evolució. Impacte en la salut
4.2. Metodologia per a la caracterització
4.3. del microbioma Seqüenciació genòmica
4.4. Bioinformática aplicada a l'anàlisi del microbioma
4.5. Microbioma intestinal
4.6. Microbioma vaginal i uretral
4.7. Microbioma de l'arbre respiratori
4.8. Microbioma de la pell
4.9. Microbioma i resistoma
4.10. Microbioma intestinal i sèpsia
4.11 Aplicacions actuals i futures de l'anàlisi del microbioma com a diagnòstic microbiològic
4.12 Quina informació clínica ens pot donar el microbioma?
4.13 Microbioma NO bacterià
Control de qualitat en el laboratori de microbiologia clínica
Concepción Gimeno
5.1.- Concepte de qualitat. Sistemes de gestió de la qualitat.: EFQM, #ISO
5.2.- Certificació i acreditació. Normes #ISO. Generalitats, semblances i diferències. Consideracions pràctiques
5.3.- Qualitat en les fases preanalítica, analítica i postanalítica
5.4.- Control de qualitat: Control intern i extern. Característiques generals i definicions
5.5.- Control de qualitat intern. Material i ceps de referència. Tendències.
5.6.- Control de qualitat extern. Programes de control de qualitat.
5.7.- Programa SEIMC de control de qualitat en Microbiologia
5.8.- Verificació i validació de mètodes. Documents d'un sistema de control de la qualitat
5.9.- Control de reactius i equips Personal i formació
5.10.- Casos pràctics. Guia per a la redacció d'un Manual de la Qualitat i Procediments Generals.
Avaluació analítica i econòmica de tècniques diagnòstiques
6.1 Com avaluar una prova diagnòstica en Microbiologia: paràmetres analítics i utilitat clínica
6.2 Conceptes bàsics en l'avaluació econòmica de tecnologia sanitària (#MTS): Metodologia, font de dades d'eficàcia/efectivitat, descripció i assignació de costos
6.3. Conceptes bàsics en l'avaluació econòmica de tecnologia sanitària (#MTS): Mesura dels resultats en salut, horitzó temporal, taxa de descompte, presentació i anàlisi dels resultats, pla de cost-efectivitat, anàlisi de sensibilitat.
6.4. Construcció de models en estudis de #MTS: models basats en arbres de decisió i models d'estats de transició.
6.5. Estudis d'avaluació econòmica de mètodes de diagnòstic microbiològic: tecnologia MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption ionizationestafe of flight mass spectrometry) en el laboratori de Microbiologia.
6.6. Estudis d'avaluació econòmica de l'ús de proves microbiològiques en el lloc d'atenció: tècniques POC (point of care)
Optimació d'algorismes diagnòstics en el maneig de síndromes infeccioses
Luis Martínez Martínez
Profesor titular Universidad de Córdoba
Facultad de medicina. Microbiología

7.1 Concepto y aplicación de ¿Diagnostic stewardship¿ en Microbiología Clínica
7.2 ¿Diagnostic stewardship¿ en el marco de los Programas de optimación del uso de antimicrobianos (PROA)
7.3. Diagnostic stewardship en infecciones sistémicas (Bacteriemia/sepsis)
7.4. Diagnostic stewardship en infecciones del Sistema Nervioso Central
7.5. Diagnostic stewardship en infecciones gastro-intestinales
7.6. Diagnostic stewardship en infecciones del tracto respiratorio
7.7. Diagnostic stewardship en infecciones de Transmisión Sexual (ITS)
7.8. Diagnostic stewardship en infecciones Congénitas
7.9. Diagnostic stewardship en infecciones por virus hepatotropos
Treball final de Màster
ASSIGNATURA 8. TREBALL DE FI DE MÀSTER
1.- Bases de la investigació mèdica
El mètode científic i la investigació biomèdica
Context actual de la investigació biomèdica en España
Fuentes de finançament de la investigació
Fuentes d'informació per a la investigació biomèdica
Anàlisi estadística bàsica en la investigació boimédica
2.- Metodologia en la investigació clínic-epidemiològica
Estudis observacionals de cohorts i casos- control
Estudis d'intervenció: l'assaig clínic
Aspectes metodològics de l'assaig clínic
Aspectes ètics i legals de l'assaig clínic
Elaboració i execució d'un protocol d'assaig clínic
Avaluació i interpretació dels resultats d'un assaig clínic
3.- Elaboració d'un projecte d'investigació
Hipòtesi i objectius
Disseny i estructura
Execució, seguiment i anàlisi de resultats
4.- Investigació biomèdica bàsica
Metodologia de la investigació bàsica
Tecnologia de laboratori en la investigació bàsica
Models experimentals animals
5.- Estudis d'utilització d'antimicrobians