Microbial Diversity and Taxogenomics of Prokaryotes - TAXGEN-PRO

Reference of the Group:

GIUV2014-187

 
Description of research activity:

Estudios de diversidad procariótica de medios acuáticos (en especial marinos) y de taxonomía bacteriana.- Caracterización polifásica de bacterias y arqueas, especialmente marinas, con fines taxonómicos, descripción formal y conservación de nuevos taxones bacterianos y generación de bases de datos de utilidad en su identificación.- Caracterización fenotípica y funcional: caracteres culturales, estructurales, fisiológicos, bioquímicos y nutricionales.- Genómica comparada aplicada a la taxonomía procariótica: obtención de datos (nuevas secuencias, ampliación y/o cerrado) de cepas tipo y nuevos aislamientos. - Estudios filogenéticos basados en genes conservados (gen 16S rRNA, diversos genes esenciales) o en genomas completos. - Determinación de valores de hibridación DNA-DNA in silico e índices ANI (Average Nucleotide Identity) y AAI (Average Aminoacid Identity) a partir de secuencias genómicas.- Aspectos formales: Nomenclatura en Taxonomía de procariotas. Grupos taxonómicos: preferentemente familias, géneros y especies de los filos Pseudomonadota (en especial familias Vibrionaceae, Halomonadaceae y Rhodobacteraceae) y Bacteroidota (orden Flavobacteriales), entre otros taxones.

 
Web:
 
Scientific-technical goals:
  • Caracterización genòmica de cepas de origen acuático, incluyendo sus posibles aplicaciones biotecnológicas.
  • Generación de conocimiento en torno a la diversidad microbiana de ambientes acuáticos.
  • Clasificación taxonómica de bacterias marinas heterótrofas.
 
Research lines:
  • Taxonomy of marine bacteria . Clasificación, identificación y nomenclatura de bacterias marinas: caracterización polifásica (fenotípica, genómica y filogenética), especialmente de alfa/gammaproteobacterias y bacteroidetes mediante MLSA, hibridación DNA-DNA, índices taxogenómicos y fenotipado clásico.
  • Genomics applied to the taxonomy of prokaryotes . Estudios de aplicación de la genómica comparada a la taxonomía procariota. Incluye tanto la obtención de datos (nuevas secuencias, ampliación y/o cerrado) de cepas tipo y cepas adicionales de interés para el grupo así como su posterior análisis con herramientas informáticas y secuencias públicas.
 
Group members:
Name Nature of participation Entity Description
M Jesús Pujalte DomarcoDirector-a UVEG-Valencia Catedràtic-a d'Universitat
Equip d'investigació
David Ruiz ArahalMembre UVEG-Valencia Titular d'Universitat