Tanto la LRJSP como la LCTI establecen unos contenidos para los convenios. Segun el tipo de la actividad a desarrollar, se incluirán los siguientes:

• Sujetos que suscriben el convenio, capacidad jurídica de las partes, y competencia..

• El expositivo, donde se explican las circunstancias de la actividad a desarrollar, se justifica su necesidad y se detallan las fortalezas, capacidades y recursos con que cuenta cada parte. Aquí ya encontramos alusiones al interés o fin común que persiguen las partes con la consecución de las actividades objeto del convenio..

• Objeto del convenio, y actuaciones a realizar por cada parte para su cumplimiento.

• Compromisos y obligaciones de las partes: detalle de los medios materiales y humanos que las partes se comprometen a aportar, así como su valoración económica, si procede, con la indicación de que serán aportaciones en especie y no necesitan consignación presupuestaria alguna. 

• Si existen, obligaciones y compromisos económicos adquiridos por cada parte, indicando su distribución temporal por anualidades y su imputación concreta, de acuerdo con lo previsto en la legislación presupuestaria, en este caso, de la Universitat de València.

• Cuando corresponda, se identifican los responsables científicos por cada parte, que actuarán de interlocutores.

• En determinados convenios (desarrollo de proyectos de I+D+i por ejemplo), es necesario incluir una cláusula de confidencialidad que afectará a todas las partes firmantes.

• También es relevante en determinados convenios incluir el régimen de distribución y protección de los derechos y resultados de la investigación. Por un lado, debe de incluirse una regulación del uso del conocimiento previo durante el desarrollo del proyecto y después, si dicho conocimiento fuera necesario de cara a la explotación del resultado; debe regularse también a quién pertenecerán los resultados obtenidos, la posibilidad de obtención de resultados compartidos y su acceso durante el período de ejecución del proyecto y su posterior explotación. Para el caso de la Universitat, la transmisión de los derechos sobre estos resultados a un tercero se deberá realizar con una contraprestación que corresponda a su valor de mercado.

• Mecanismos de seguimiento, vigilancia y control, suelen ser las Comisiones de Seguimiento, encargadas de resolver los problemas de interpretación y cumplimiento que puedan plantearse.

• Régimen de modificación del convenio (en general, por acuerdo unánime entre las partes).

• Plazo de vigencia: será (salvo excepciones puntuales) de 5 años prorrogables una vez, antes de su finalización, por 5 años más.

• Extinción y efectos de la resolución: entre otras, por el transcurso del plazo de vigencia; acuerdo unánime de las partes; por decisión judicial o por incumplimiento de las obligaciones asumidas por las partes, en cuyo caso se podrá realizar un requerimiento, a través de la Comisión de Seguimiento, a la parte incumplidora para que en un plazo determinado proceda a cumplir con las dichas obligaciones o, en caso contrario, asumir una posible indemnización.

• Liquidación del convenio: si conllevan compromisos económicos, habrá obligación de reintegro o de abono, según las circunstancias. Si llegada la resolución del convenio, existen actuaciones pendientes de ejecución, se podrá acordar la continuación de las mismas para que sean ejecutadas estableciendo un plazo improrrogable. El cumplimiento y resolución dará lugar a la liquidación.

• En el caso de convenios firmados con las AAPP, para que el convenio sea eficaz, la obligación de publicación en el registro correspondiente del documento.

• Cuando por la actividad a realizar se considere necesario, otras cláusulas susceptibles de ser introducidas son las relativas a la prevención de riesgos laborales y a la protección de datos, o la normativa relativa al acceso a la información y transparencia.

• En aquellos convenios en los que vaya a desarrollarse un proyecto en concreto, es recomendable la inclusión de un Anexo, que servirá para detallar aspectos como la descripción técnica de las actividades de I+D con sus objetivos; metodología; plan de trabajo e hitos; entregables y el equipo de trabajo. Puede incluirse también, si se considera oportuno, el presupuesto asociado, que constituirá la memoria económica y podría estar ligado a las actividades o entregables.