Un equipo de investigación del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio, centro mixto de la Universitat de València y del Consejo Superior de Investigaciones Científicas) y de otros centros españoles ha creado un software que permite analizar la evolución del SARS-CoV-2 dentro de pacientes que sufren infecciones crónicas por este virus, las cuales pueden durar muchos meses. La herramienta, VIPERA (Viral Intra-Patient Evolution Reporting and Analysis), se ha descrito en la revista Virus Evolution, y evalúa la evolución de las muestras seriadas durante la infección a través del informe que genera automáticamente.
Se trata de una herramienta intuitiva y escalable que facilita el acceso a los análisis evolutivos más avanzados: permite a cualquier profesional rastrear las diferentes poblaciones del virus dentro de un mismo paciente y estudiar sus cambios adaptativos asociados con su transmisibilidad, patogenicidad o a la administración de tratamientos. En el proyecto también han participado el Departamento de Microbiología Clínica del Hospital Clínic de Barcelona, el CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), el Instituto de Biomedicina de València (IBV-CSIC) y el CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP).
“Tras validar el software con conjuntos de datos conocidos, lo hemos aplicado con éxito a un nuevo caso, y hemos conseguido revelar interesantes dinámicas poblacionales y evidencias de evolución adaptativa. En el futuro, queremos aplicar VIPERA al estudio de otros organismos que afecten sostenidamente a un mismo paciente, como el VIH o bacterias como Mycobacterium tuberculosis”, explica Mireia Coscollá, investigadora del I2SysBio.
La importancia de este trabajo radica en que analiza las infecciones crónicas, más patogénicas o transmisibles, como fuente potencial de nuevas variantes del SARS-CoV-2 preocupantes. “Con el informe generado, se puede analizar cómo evoluciona el virus a lo largo de la infección”, explica Miguel Álvarez Herrera, investigador del I2SysBio y primer firmante del artículo.
Hasta ahora no existía una herramienta que integrara y estandarizara el análisis de la evolución intrapaciente de SARS-CoV-2. El uso de VIPERA es sencillo y genera un informe fácilmente interpretable. Además, es de código abierto y escalable. “Aplicando esta herramienta, hemos analizado en profundidad una infección crónica, revelando la aparición de mutaciones asociadas con escape inmune y variantes de preocupación”, destaca Jordi Sevilla, coprimer firmante del artículo.
Este trabajo es parte del proyecto CNS2022-135116, que ha sido financiado por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR, el Ministerio de Ciencia e Innovación, la Generalitat Valenciana, el Consejo Europeo de Investigación, el Ministerio de Industria y Competitividad, y por los Fondos FEDER. El trabajo computacional se realizó en Garnatxa, el clúster de computación de alto rendimiento (HPC) del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio).
Referencia artículo: https://doi.org/10.1093/ve/veae018
