L'Article 39 del RD 53/2013 estableix:
El CEEA ha d'estar integrat per persones amb l'experiència i els coneixements necessaris per a vetlar pel benestar i la cura dels animals. Estarà format com a mínim, pels següents membres:

• La persona o les persones responsables del benestar i cura dels animals
• Un investigador o un altre membre científic.

En el cas que el comité ètic d'experimentació animal actue com a òrgan habilitat per a realitzar l'avaluació o l'avaluació retrospectiva dels projectes, la seua composició inclourà a més investigadors o altres membres científics que no estiguen directament relacionats en el projecte i una persona amb experiència i coneixements en benestar dels animals que no tinga relació directa amb l'usuari ni amb el projecte.

Els membres respectaran el principi de confidencialitat.

El CEEA rebrà l'assessorament del veterinari designat, havent-se de conservar durant almenys tres anys les aportacions que aquest realitze.
Quan el CEEA ho considere oportú, sol·licitarà l'assessorament d'experts les quals també respectaran el principi de confidencialitat.