GIUV2014-187
L'activitat investigadora del grup de la Col·lecció Espanyola de Cultius Tipus cobreix aspectes bàsics, encaminats a generar coneixement, i aspectes aplicats amb projecció social i de transferència de tecnologia. En el primer aspecte s'abasta principalment la taxonomia microbiana, i el segon es desenvolupa entorn de la millora de la seguretat i qualitat microbiològica i funcional dels aliments. Dins del primer enfocament, les investigacions actuals comprenen la caracterització polifàsica de ceps microbians (fonamentalment bacteris) amb finalitats taxonòmics i es tradueix en la descripció formal i conservació de nous tàxons bacterians i la generació de bases de dades d'utilitat en la seua identificació. La seua activitat suposa la utilització de multitud d'eines de caracterització del fenotip dels ceps microbians: caràcters estructurals, fisiològics, bioquímics i nutricionals, a més de la determinació de dades quimiotaxonòmiques, com la composició en àcids grassos, lípids polars, quinones, proteïnes majoritàries mitjançant MALDI-TOF, contingut G+C, etc. Es duen a terme, a més, estudis filogenètics basats en gens conservats, utilitzant tant el gen 16S rRNA, com a diversos gens...L'activitat investigadora del grup de la Col·lecció Espanyola de Cultius Tipus cobreix aspectes bàsics, encaminats a generar coneixement, i aspectes aplicats amb projecció social i de transferència de tecnologia. En el primer aspecte s'abasta principalment la taxonomia microbiana, i el segon es desenvolupa entorn de la millora de la seguretat i qualitat microbiològica i funcional dels aliments. Dins del primer enfocament, les investigacions actuals comprenen la caracterització polifàsica de ceps microbians (fonamentalment bacteris) amb finalitats taxonòmics i es tradueix en la descripció formal i conservació de nous tàxons bacterians i la generació de bases de dades d'utilitat en la seua identificació. La seua activitat suposa la utilització de multitud d'eines de caracterització del fenotip dels ceps microbians: caràcters estructurals, fisiològics, bioquímics i nutricionals, a més de la determinació de dades quimiotaxonòmiques, com la composició en àcids grassos, lípids polars, quinones, proteïnes majoritàries mitjançant MALDI-TOF, contingut G+C, etc. Es duen a terme, a més, estudis filogenètics basats en gens conservats, utilitzant tant el gen 16S rRNA, com a diversos gens essencials (recA, rpoD, gyrB, mreB, ftsZ, ...) mitjançant l'aproximació Multilocus Sequence Analysis (MLSA). Les afinitats genòmiques es determinen bé mitjançant hibridació DNA-DNA i/o determinació de l'índex ANI (Average Nucleotide Identity) a partir de seqüències genòmiques. A més, comprén la implementació de metodologies de genòmica comparada en el camp taxonòmic, algunes d'elles en comú amb els interessos del segon camp o àmbit d'investigació del grup. Els tàxons bacterians que han rebut més aportacions del nostre grup d'investigació en els últims anys comprenen diversos gèneres i espècies de Alfaproteobacteris, Gammaproteobacteris i Bacteroidetes marins, però també s'han estudiat bacteris làctics d'origen alimentari (Lactobacillus spp.), actinomicets i altres tàxons. La investigació aplicada en el camp de la seguretat i qualitat microbiològica d'aliments se centra en el desenvolupament de mètodes ràpids i quantitatius, basats en PCR a temps real, per a detecció quantitativa de patògens en aliments, i la seua aplicació en l'anàlisi rutinària. Concretament el grup compta amb experiència en detecció quantitativa (qPCR) dels patògens Escherichia coli O157:H7, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Salmonella spp., Bacillus cereus i virus entèrics, norovirus i virus de l'hepatitis A (VHA) en diferents matrius alimentàries, i especialment en vegetals d'IV gamma. Així mateix, s'han desenvolupat procediments que combinant la incorporació de reactius amb afinitat pels àcids nucleics amb la PCR (v-qPCR) permeten la detecció quantitativa, exclusivament de patògens viables o infecciosos. Aquestes metodologies estan sent avaluades per a la seua aplicació a determinar l'efectivitat de diferents processos d'higienització i/o conservació d'aliments. D'altra banda, el grup aborda estudis de biodiversitat de bacteris làctics en aliments fermentats mitjançant aproximacions basades en el cultiu, seguint l'aïllament i identificació molecular (genotipat per PCR) i, per mètodes independents de cultiu, utilitzant tècniques de seqüenciació de nova generació (NGS). Aquests estudis estan dirigits a la cerca de ceps amb capacitats d'aplicació biotecnològica. En el camp dels aliments funcionals s'aborda la caracterització de bacteris làctics quant a la producció de compostos d'interés per a millorar la qualitat tecnològica i nutricional dels aliments com són la producció de exopolisacàrids, vitamines, aminoàcids o enzims i la seua aplicació biotecnològica.
[Llegir més][Ocultar]
[Llegir més][Ocultar]
- Generacion de conocimiento en torno a la diversidad microbiana de ambientes acuaticos.
- Clasificacion taxonomica de bacterias marinas heterotrofas.
- Caracterizacion genomica de cepas de origen acuatico, incluyendo sus posibles aplicaciones biotecnologicas.
- Taxonomia de bacteris marins.Classificació, identificació i nomenclatura de bacteris marins: caracterització polifàsica (fenotípica, genòmica i filogenètica), especialment d'alfa/gamma proteobacteris i bacteroïdets mitjançant MLSA, hibridació DNA-DNA, índexs ANI, quimiotaxonomia (fames/ maldi-tof) i fenotipat clàssic.
- Genòmica aplicada a la taxonomia procariota.Estudis d'aplicació de la genòmica comparada a la taxonomia procariota. Inclou tant l'obtenció de dades (noves seqüències, ampliació i/o tancament) de ceps tipus i ceps addicionals d'interés per al grup així com la seua posterior anàlisi amb eines informàtiques i seqüències públiques.
| Nom | Caràcter de la participació | Entitat | Descripció |
|---|---|---|---|
| M JESUS PUJALTE DOMARCO | Director-a | Universitat de València | Catedràtica/Catedràtic d'Universitat |
| Equip d'investigació | |||
| DAVID RUIZ ARAHAL | Membre | Universitat de València | Catedràtic/a d'Universitat |
- Microbiologia i Ecologia
- Bacterias marinas; taxonomía bacteriana; filogenia bacteriana; MLSA; DDH; ANI; AAI; Vibrionaceae; Rhodobacteraceae; Gammaproteobacteria; Alphaproteobacteria, Bacteroidota gammaproteobacteria; alfaproteobacteria
- Genómica comparada; especie procariota; ANI; inferencia fenotípica; secuenciación masiva; genómica funcional; ensamblado; anotación, bioinformática
