A comienzos del siglo XX, la Universitat de València tuvo la necesidad de ampliar sus espacios docentes. Por este motivo, en 1906 se convocó un concurso para la construcción de las nuevas Facultades de Medicina y Ciencias, que se iban a integrar en el llamado, por entonces, paseo de Valencia al Mar; actual Avenida de Blasco Ibáñez.

Por aquel entonces, los distintos saberes universitarios se impartían todavía en el antiguo edificio de la Universidad, en la calle de la Nave. Además, las instalaciones de la Facultad de Medicina, construida a finales del siglo XIX en la calle de Guillem de Castro, no daban respuesta a las nuevas necesidades. En este sentido, los espacios universitarios, iniciada la nueva centuria, eran limitados. Por este motivo, se planificó y diseñó la que sería la primera ciudad universitaria de Valencia, siendo los nuevos edificios de Ciencias y Medicina los primeros en construirse.

El concurso para los edificios de Medicina y Ciencias convocado por el Ministerio de Instrucción Pública tuvo como ganador al arquitecto José Luis Oriol Urigüen, que planteó un proyecto conjunto para ambas facultades. Pero por diferentes circunstancias, las obras apenas se habían iniciado a principios de los años treinta del siglo XX.

En 1932 se produjo un incendio que afectó gravemente al edificio histórico de la Universitat en la calle de la Nave. El ala dedicada al estudio de las Ciencias quedó destruida. Desaparecieron con el fuego el gran Museo de Historia Natural, junto con las aulas y laboratorios. Este suceso dramático impulsó la construcción de la nueva Facultad de Ciencias.

Por ello otros arquitectos se hicieron cargo de las obras, ahora con proyectos que separaban ambos edificios. De esta forma, la Facultad de Ciencias tuvo como arquitecto responsable a Mariano Peset Aleixandre, hermano del entonces rector Juan Peset. En recuerdo de los espacios que habían perecido con el fuego, se reprodujo además la torre del observatorio astronómico, que había existido en la calle de la Nave, pudiéndose ver aún hoy en este edificio, actual rectorado. Su propuesta modernizaba la idea inicial de Oriol, con formas más vanguardistas que partían de una simplificación formal de los elementos clásicos que se disponen en fachada. Además, la concepción volumétrica y la construcción de la torre observatorio, dispuesta en el vértice principal, dan como resultado una obra de inspirada modernidad y severa monumentalidad. Son las líneas art déco las que se imponen finalmente en este inmueble: escalonamientos, pureza de volúmenes y elementos retomados del repertorio clásico, que son reinterpretados bajo la apariencia del estilo moderno. Ello responde a las exigencias de las nuevas formas que se impusieron en la Valencia de los años 30 del siglo XX, con elementos de la vanguardia arquitectónica que desaparecerían, más tarde, con el triunfo de la dictadura franquista.

El edificio de la antigua Facultad de Ciencias, por su importancia arquitectónica y patrimonial, ha sido reconocido como de Bien de Relevancia Local (BRL).