Al començament del segle XX, la Universitat de València va tenir la necessitat d'ampliar els seus espais docents. Per aquest motiu, en 1906 es va convocar un concurs per a la construcció de les noves Facultats de Medicina i Ciències, que s'anaven a integrar en l'anomenat passeig de València a la Mar; actual Avinguda de Blasco Ibáñez.

En aquells dies, els diferents sabers universitaris s'impartien encara en l'antic edifici de la Universitat, al carrer de la Nau. A més, les instal·lacions de la Facultat de Medicina, construïda a la fi del segle XIX al carrer de Guillem de Castro, no donaven resposta a les noves necessitats. En aquest sentit, els espais universitaris, iniciada la nova centúria, eren limitats. Per aquest motiu, es va planificar i dissenyar la que seria la primera ciutat universitària de València, sent els nous edificis de Ciències i Medicina els primers a construir-se.

El concurs per als edificis de Medicina i Ciències convocat pel Ministeri d'Instrucció Pública va tenir com a guanyador a l'arquitecte José Luis Oriol Urigüen, que va plantejar un projecte conjunt per a totes dues facultats. Però per diferents circumstàncies, les obres a penes s'havien iniciat a principis dels anys trenta del segle XX.

En 1932 es va produir un incendi que va afectar greument l'edifici històric de la Universitat al carrer de la Nau. L'ala dedicada a l'estudi de les Ciències va quedar destruïda. Van desaparèixer amb el foc el gran Museu d'Història Natural, juntament amb les aules i laboratoris. Aquest succés dramàtic va impulsar la construcció de la nova Facultat de Ciències.

Per això altres arquitectes es van fer càrrec de les  obres, ara amb projectes que separaven tots dos edificis. D'aquesta forma, la Facultat de Ciències va tenir com a arquitecte responsable a Mariano Peset Aleixandre, germà del llavors rector Juan Peset. En record dels espais que havien perit amb el foc, es va reproduir a més la torre de l'observatori astronòmic, que havia existit al carrer de la Nau, podent-se veure encara avui en aquest edifici, actual rectorat. La seua proposta modernitzava la idea inicial d'Oriol, amb formes més avantguardistes que partien d'una simplificació formal dels elements clàssics que es disposen en façana. A més, la concepció volumètrica i la construcció de la torre observatori, disposada en el vèrtex principal, donen com a resultat una obra d'inspirada modernitat i severa monumentalitat. Són les línies art déco les que s'imposen finalment en aquest immoble: escalonaments, puresa de volums i elements represos del repertori clàssic, que són reinterpretats sota l'aparença de l'estil modern. Això respon a les exigències de les noves formes que es van imposar a la València dels anys 30 del segle XX, amb elements de l'avantguarda arquitectònica que desapareixerien, més tard, amb el triomf de la dictadura franquista.

L'edifici de l'antiga Facultat de Ciències, per la seua importància arquitectònica i patrimonial, ha sigut reconegut com de Bé de Rellevància Local (BRL).