La capilla de la Sapiencia es uno de los espacios más singulares del edificio universitario. La construcción original fue realizada por los arquitectos Pere Compte y Pere Bernia en 1498. Posteriormente, durante el siglo XVIII, fue completamente renovada por el mestre d’obres Miguel Martínez. El estilo barroco clasicista domina la composición de esta capilla de nave única, cubierta con bóveda de cañón con lunetos, compartimentada por arcos fajones. En las claves de la bóveda se representa el escudo de la ciudad de Valencia, que recuerda el origen y la titularidad municipal de la Universidad hasta mediados del siglo XIX, cuando pasó a depender del Estado. Dispone en su cabecera de un amplio presbiterio, cubierto por una cúpula sobre cuatro pechinas decoradas con los evangelistas.

En el retablo, de diseño barroco, se encuentra la obra más importante y antigua de la colección universitaria: la tabla de la Virgen de la Sapiencia, obra magnífica de Nicolás Falcó pintada en 1516.

Los muros laterales del presbiterio muestran dos grandes lienzos del pintor Luciano Salvador Gómez, que representan el Juicio de Salomón sobre el lado de la Epístola, situado a la derecha mirando hacia el altar, y la Venganza de Tomiris, sobre el muro del Evangelio, ubicado a nuestra izquierda. Estas imágenes tienen una función aleccionadora, mostrando el sentido de la justicia que debe imperar también en este espacio universtiario.

La capilla dispone de coro alto a los pies, bajo el cual podemos contemplar un lienzo de la Concepción niña, pintado por Jerónimo Jacinto de Espinosa, perteneciente a la escuela barroca valenciana.

Las paredes de la nave se decoran con figuras de santos, obra de destacados pintores valencianos del siglo XVIII como Luis Planes, Manuel Camarón, José Camarón o José Vergara. La segunda por el lado de la Epístola, de autor anónimo, retrata a San Vicente Ferrer. El fondo representa la escena de la fundación de la Universitat de València, en la que, de forma alegórica, intervino el santo. En la hornacina que precede el presbiterio por el lado del Evangelio encontramos una imagen de San Bruno Abad, realizada en 1750 por el escultor valenciano Ignacio Vergara.

El zócalo de azulejo que rodea el perímetro de la capilla es obra del ceramista de Manises José Gimeno de 1944. Reproduce modelos de la cerámica valenciana del siglo XVIII, por lo que se integra de forma harmónica en el conjunto.

En este importante espacio del edificio universitario se celebraron las conocidas sabatinas, que eran debates públicos sobre los distintos saberes universitarios. En la actualidad, y por su excelente acústica, acoge la programación de conciertos de cámara del Aula de Música de la Universitat de València.