L'origen de la Biblioteca es remunta a la donació, el 1785, dels llibres de l'insigne valencià Francesc Pérez Baier. Es va inaugurar el 1788, sent rector Vicent Blasco.
Seguint aquest generós exemple, altres catedràtics van oferir les seues biblioteques per engrossir la naixent "llibreria" universitària. Lamentablement, durant la invasió napoleònica una bomba va caure sobre l'edifici de la Universitat i va provocar un incendi, a conseqüència del qual es va perdre la major part d'aquest fons fundacional.
Aquesta catàstrofe va servir d'estímul a rectors, catedràtics i patricis valencians, que van refer la Biblioteca, llegant-hi les seues col·leccions particulars. Entre ells, Vicent Blasco, Domènec Mascarós (primer bibliotecari de la institució), Salvador Perellós i Onofre Soler. La Universitat, per la seua banda, va portar a terme una política de compra que va servir per engrossir el seu ja nodrit fons. Va obrir de nou les portes el 1837 amb aquest fons, més les obres procedents de les biblioteques dels convents suprimits per la desamortització de Mendizábal.
Per aquest concepte hi van ingressar els llibres que havien pertangut als convents dels Carmelites Descalços, els Franciscans, els Agustins (d'Alcoi, Xàtiva i València), els Trinitaris Descalços, els Dominics, l’Orde de Montesa, etc.; el fons més important i valuós, però, va ser el procedent del monestir de Sant Miquel dels Reis, amb el llegat de Ferran d'Aragó, duc de Calàbria.
Posteriorment, hi van arribar altres donacions importants, com la del catedràtic i bibliotecari de l'Estudi General Marià Liñán que, a la seua mort, va donar la seua biblioteca i monetari, com també Francesc Xavier Borrull. El 1843, hi llegà les seues obres Giner de Perellós, marquès de Dosaigües. El llegat de Vicent Hernández Máñez, bibliotecari de la Universitat, va ser un dels donatius que més exemplars rars i únics va aportar a la Biblioteca Universitària. El 1867 hi van entrar els llegats de Vicent Dauder i Vicent Alfonso i, en anys posteriors, el de Francesc Carbonell, el del rector Joan del Castillo i Carroz, el del paborde Francesc Estruch, el de Vicent Salas Quiroga, etc.
Un altre fons important és el de la biblioteca d'obres dramàtiques de Josep Maria Moles, composta per uns 1204 volums, que va ser lliurada juntament amb el seu catàleg i el seu mobiliari pels marmessors testamentaris a l'Ajuntament de València i que aquest donà a la Universitat.
Pel seu caràcter de Biblioteca Provincial, hi van entrar fons, a la fi del s. XIX, procedents del Ministeri de Foment, així com obres de la biblioteca del duc d'Osuna. El 1901, hi va ingressar l'últim donatiu important, el llegat de Lluís Gonzaga Gascó Albert; la temàtica de la seua biblioteca reflecteix la seua condició de matemàtic i escriptor.
La Biblioteca Universitària va ser, durant la Guerra Civil i després, dipositària dels llibres requisats a particulars i institucions, que constitueixen un fons de gran utilitat per a l'estudi de l'història social i les arts gràfiques d'aquesta època. És digna d'esment la col·lecció de cartells de la guerra civil espanyola. Altres fons donats durant el s. XX, són els de Josep Sanchis Sivera i Francesc Alcayde.
A hores d’ara, la Biblioteca manté una política d'adquisicions d'obres antigues impreses a València i d'autors valencians, i també d’engrossir la seua important col·lecció de referència.
