El origen de la Biblioteca se remonta a la donación, en 1785, de los libros del insigne valenciano Don Francisco Pérez Bayer. Se inauguró en 1788, siendo rector Don Vicente Blasco.
Siguiendo este generoso ejemplo, otros catedráticos ofrecieron los fondos de sus bibliotecas para engrosar la naciente "librería" universitaria. Lamentablemente, durante la Invasión napoleónica una bomba cayó sobre el edificio de la Universitat y provocó un incendio en el que se perdió la mayor parte de este fondo fundacional.
Esta catástrofe sirvió de estímulo a rectores, catedráticos y patricios valencianos, que rehicieron la Biblioteca, legando sus colecciones particulares. Entre ellos Don Vicente Blasco, Don Domingo Mascarós (primer bibliotecario de la Institución), Don Salvador Perellós y Don Onofre Soler. La Universitat, por su parte, llevó a cabo una política de compra que sirvió para engrosar su ya nutrido fondo. Abrió de nuevo sus puertas en 1837 con este fondo más las obras procedentes de las bibliotecas de los conventos suprimidos por la Desamortización de Mendizábal.
Por este concepto ingresaron los libros que habían pertenecido a conventos de Carmelitas Descalzos, Franciscanos, Agustinos (de Alcoy, Játiva y Valencia), Trinitarios Descalzos, Dominicos, Orden de Montesa, etc.; el fondo más importante y valioso fue el procedente del Monasterio de San Miguel de los Reyes, con el legado de Fernando de Aragón, Duque de Calabria.
Posteriormente llegaron otras donaciones importantes como la del antiguo catedrático y bibliotecario Don Mariano Liñán, que a su muerte donó su biblioteca y monetario, al igual que Francisco Javier Borrull. En 1843 lega sus obras Don Ginés de Perellós, Marqués de Dos Aguas. El legado de Don Vicente Hernández Máñez, bibliotecario de la Universitat, fue uno de los donativos que más ejemplares raros y únicos aportó a la Biblioteca Universitaria. En 1867 entraron los legados de Don Vicente Dauder y Don Vicente Alfonso; y en años posteriores los de Don Francisco Carbonell, el rector Juan del Castillo y Carroz, el del pavorde Don Francisco Estruch, el de Don Vicente Salas Quiroga, etc.
Otro de los fondos importantes es el de la biblioteca de obras dramáticas de Don José María Moles, compuesta por unos 1.120 volúmenes, que fue entregada junto con su catálogo y su mobiliario por los albaceas testamentarios al Ayuntamiento de Valencia y que éste donó a su vez a la Universitat.
Por su carácter de Biblioteca Provincial, entraron fondos a finales del S. XIX procedentes del Ministerio de Fomento, así como obras de la biblioteca del Duque de Osuna. En 1901 ingresó el último donativo importante, el legado de Don Luis Gonzaga Gascó Albert; la temática de su biblioteca refleja su condición de matemático y escritor.
La Biblioteca Universitaria fue, durante y después de la Guerra Civil, depositaria de los libros requisados a particulares e instituciones, que constituyen un fondo de gran utilidad para el estudio de la Historia Social y las Artes Gráficas de esa época. Es digna de mención la colección de carteles de la guerra civil española. Otros fondos donados en el S. XX, son los de Don José Sanchis Sivera y Don Francisco Alcayde.
En el momento actual, la Biblioteca mantiene una política de adquisición de obras antiguas impresas en Valencia y de autores valencianos, esta política pretende también ampliar su importante colección de referencia.
