La Biblioteca posee más de 1.000 volúmenes manuscritos, que proceden en su mayoría de los conventos desamortizados y de legados particulares, en especial de Vicente Hernández Máñez, Francisco Borrull, Giner de Perellós y Mariano Liñán. Destacan sobre todo, los procedentes del monasterio jerónimo de San Miguel de los Reyes. Fundado en 1546 por Fernando de Aragón, Duque de Calabria, y su esposa Germana de Foix, en él se albergó parte de la riquísima biblioteca napolitana iniciada por Alfonso V de Aragón en su corte napolitana.
De los aproximadamente 2.500 volúmenes de que constaba la biblioteca originaria, el duque de Calabria trajo a Valencia unos 1.000, de los cuales casi 250 ingresaron en los fondos de la Universitat. Estos responden a la preocupación humanista de los reyes napolitanos: obras de los clásicos, de los humanistas vinculados a la corte, libros religiosos, biblias, obras en lengua romance, etc. Los ejemplares son en su mayoría un claro exponente del códice renacentista: libro de lujo en vitela, con escritura humanística, rica decoración en la que abunda el oro y los motivos renacentistas (“putti”, animales exóticos, "Bianchi girari", medallones, emblemas de la casa real de Nápoles, etc.). La mayoría de los códices conservan sus encuadernaciones originales, principalmente de estilo mudéjar.
Otro importante grupo de manuscritos (de los siglos XVI al XIX) es el procedente del Convento de Predicadores, constituido por los apuntes de teología que se impartían en los conventos dominicos de la provincia, obras autógrafas de dominicos que residieron en Valencia, relaciones de sucesos relativos a la Orden, sermones, etc.
Además del catálogo manual (por autores y materias) de los fondos manuscritos, existe otro impreso elaborado por Marcelino Gutiérrez del Caño, del cual hay edición facsímil realizada por Paris-Valencia. La obra se puede encontrar tambíén digitalizada en acceso libre (vol. 1, vol. 2, vol. 3). En la actualidad se están introduciendo los fondos manuscritos en nuestro catálogo Trobes y se está llevando a cabo su digitalización y posterior inclusión en la colección digital de fondo histórico Somni.
En el siguiente enlace se puede acceder a los manuscritos introducidos en el catálogo Trobes: Manuscritos
