La Biblioteca posseeix més de 1.000 volums manuscrits, que procedeixen majoritàriament dels convents desamortitzats i de llegats particulars, especialment de Vicent Hernández Máñez, Francesc Borrull, Giner de Perellós i Marià Liñán. Destaquen, sobretot, els procedents del monestir jerònim de Sant Miquel dels Reis. Fundat el 1546 per Ferran d'Aragó, duc de Calàbria, i la seua esposa Germana de Foix, va allotjar part de la riquíssima biblioteca napolitana iniciada per Alfons V d'Aragó en la seua cort napolitana.

Dels aproximadament 2.500 volums de que constava la biblioteca originària, el duc de Calàbria en va portar a València uns 1.000, dels quals gairebé 250 van ingressar en els fons de la Universitat. Aquests responen a la preocupació humanista dels reis napolitans: obres dels clàssics, dels humanistes vinculats a la cort, llibres religiosos, bíblies, obres en romanç, etc. Els exemplars són quasi tots un clar exponent del còdex renaixentista: llibre de luxe en vitel·la, amb escriptura humanística, rica decoració en que abunda l'or i els motius renaixentistes (putti, animals exòtics, bianchi girari, medallons, emblemes de la casa reial de Nàpols, etc.). La majoria dels còdexs conserven les enquadernacions originals, principalment d'estil mudèjar.

Un altre important grup de manuscrits (dels segles XVI al XIX) és el procedent del convent de Predicadors, constituït pels apunts de teologia que s’impartien en els convents de la província, obres autògrafes de dominicans que van residir a València, relacions de successos relatius a l'orde, sermons, etc.

Els manuscrits de la Universitat de València estan recollits en el catàleg imprés elaborat per Marcelino Gutierrez del Caño en 1913-1914, del qual hi ha edició facsímil realitzada per l'editorial París-Valencia. L'obra es pot trobar digitalitzada en accés lliure (vol. 1, vol. 2, vol. 3). En l’actualitat, s’estan introduint els fons en el catàleg Trobes. En el següent enllaç es pot accedir a la col·lecció de manuscrits de la Biblioteca Històrica.

Daltra banda, s’està duent a terme la seua digitalització i posterior inclusió en la col·lecció digital de fons històric Somni.