L'origen de la biblioteca universitària es remunta a la donació, en 1785, dels llibres de l'insigne valencià Francesc Pérez Bayer. Es va inaugurar en 1788, sent rector Vicente Blasco. El condicionament d'un espai per a albergar la col·lecció bibliogràfica va suposar la millora de les condicions de l'edifici i l'inici de la unificació de les seues façanes, segons un projecte de Joaquín Martínez. La biblioteca va anar ampliant els seus fons a partir de successives donacions. No obstant això, durant la invasió napoleònica, una bomba va impactar en l'edifici i va provocar un terrible incendi, que va suposar la pèrdua de part important de la col·lecció de llibres. La desaparició d'aquest tresor va motivar que uns altres destacats membres de la institució donaren els seus volums. El fuster Mauro Comín va realitzar les armariades de fusta de pi i perera, articulades amb pilastres i cornises, que revesteixen les seues parets. D'aquesta forma, la biblioteca va poder obrir de nou en 1837.

La Sala Duc de Calàbria guarda part important de les riqueses bibliogràfiques de la institució i serveix, a més, com a espai expositiu on es mostren els millors i més preuats volums.

Aquest lloc deu el seu nom a Ferran d'Aragó, duc de Calàbria, que va donar la seua magnífica col·lecció de manuscrits napolitans al monestir de San Miguel dels Reis, fundat pel mateix duc i per la seua esposa Germana de Foix. Després, per la llei de desamortització de Mendizábal de 1836, aquests llibres van passar a formar part de la biblioteca de la Universitat de València .

Un altre important grup de manuscrits dels segles XVI al XIX és el procedent del Convent de Predicadors. Completen els fons altres llibres miniats, atles geogràfics i botànics, i un portolà excel·lent elaborat en 1546 pel cartògraf mallorquí Jacobus Russus.

Dins d'aquesta sala s'exposen un globus terraqüi i un altre celeste de Willem  i Joan Blaeu, realitzats a Amsterdam a mitjan segle XVII. Es tracta d'obres úniques, ben conservades, que mereixen ser destacades dins de la valuosa col·lecció artística universitària.