La Biblioteca conserva documentación especifica del Jardín de gran interés histórico como:

• Libretas de siembra del Jardín entre los años 1927 a 1978
• Catálogo de plantas y semillas1857-1869, 1871-1875
• Catálogo de plantas "Escuela Botánica" 1888-
• Dietarios de cuentas del Jardí 1892-1914
• Libretas de siembra recolectadas en el Jardín 1889-1914
• Catalogus Seminum 1919-1989
• Index Seminum 1991-2007
• Colección de carteles de exposiciones celebradas en el Jardí. Años 90 y posteriores.
• Planos de los edificios del Jardí (hivernacles)
• Planos del Proyecto de ejecución del edificio d’investigación.
• Memória, proyecto técnico y planos del Proyecto de restauración y rehabilitación del umbráculo, invernaderos i edificios auxiliares (1988)
• El Archivo personal de José Pardo Sastrón: Colección de manuscritos científicos referidos tanto a aspectos botánicos como relativos a cuestiones farmacéuticas, así como correspondencia del eminente botánico.
• El Archivo personal de Ignacio Docavo Albertí: El fondo está constituido por diecinueve carpetas, es un inventario que recoge desde su nombramiento, como “Director Técnico del Jardí Botànic”, el 19 de julio de 1962, al resumen de su actividad en el Jardí Botànic de Valencia, expedientes y documentos personales, que dan cuenta de la mayor parte de sus actividades profesionales hasta 1987.