La Biblioteca conserva documentació especifica del Jardí de gran interès històric com ara:

• Llibretes de sembra del Jardí entre els anys 1927 a 1978
• Catàlegs de plantes i llavors del Jardí 1857-1869, 1871-1875
• Catàleg de plantes "Escuela Botánica" 1888-
• Dietaris de comptes del Jardí 1892-1914
• Llibretes de sembra recol·lectades en el Jardín 1889-1914
• Catalogus Seminum 1919-1989
• Index Seminum 1991-2007
• Col·lecció de cartells d’exposicions celebrades en el Jardí. Anys 90 i següents.
• Plànols dels edificis del Jardí (hivernacles)
• Plànols del Projecte d’execució de l'edifici d’investigació.
• Memòria, projecte técnic i plànols del Projecte de restauració i rehabilitació de l'umbracle, hivernacles i edificis auxiliars (1988)
• L’Arxiu personal de José Pardo Sastrón: Col·lecció de manuscrits científics referits tant a aspectes botànics com relatius a qüestions farmacèutiques, així com correspondència d’aquest eminent botànic.
• L'Arxiu personal de Ignacio Docavo Albertí: El fons està constituït per dinou carpetes, és un inventari que recull des del seu nomenament, com a “Director Tècnic del Jardí Botànic”, el 19 de juliol de 1962, al resum de la seua activitat en el Jardí Botànic de Valencia, expedients i documents personals, que donen compte de la major part de les seues activitats professionals fins al 1987.