La Universitat de València, des de la seua creació en 1499 fins el regnat de Ferran VIIè, fou governada, dirigida i sostinguda econòmicament per la ciutat de València, motiu pel qual l’Arxiu Històric Municipal de Valencia conserva un gran volum de documents generats per la Universitat.
Tenim escassa informació sobre l’organització de l’Arxiu Universitari al llarg dels segles. Recents estudis han donat llum a noves notícies sobre aquest, per exemple, el nomenament en 1683, del paborde Vicente Martínez de la Raga com arxiver de les pabordies, amb assignació d’un salari i senyalament de les seus obligacions com arxiver. O, la creació de l’arxiu de la Facultat de Medicina en 1712, i el nomenament com arxivers dels doctors Vicente Bartolla i Matías Camarasa, qui devien encarregar-se dels documents pertanyents al claustre mèdic que es trobaven dipositats a la sagristia de la capella de la Sapiència.
Amb les reformes il·lustrades del segle XVIII s’introdueixen canvis en la Universitat que es reflexen en els seus documents històrics. Una Reial Cèdula de 1769 ordena que es realitzi un índex de tots els papers que es troben a l’Arxiu de la Universitat, no serà fins 1779 quan la Junta del Claustre General de Catedràtics, presidida pel canonge i rector Joaquín Segarra, disposarà que es realitzi aquest índex.
La Universitat de València adquirirà major autonomia amb el Pla del rector Vicente Blasco de 1786, gestionant els fons provinents de l’ajuntament, amb el que l’Arxiu Universitari veurà augmentats el volum dels seus fons i les tipologies de documents.
Amb les reformes liberals i la caiguda del sistema universitari de l’Antic Règim, l’Axiu passarà a dependre del secretari de la Universitat. Al pas que la universitat liberal va creixent i consolidant-se, els documents van augmentant, facilitant que en l’actualitat pugem reconstruir amb detall la vida universitària des de 1845-1857 fins els nostres dies. Les universitats formaran part d’un sistema més centralitzat i amb tasques semblants per a totes. Aquest fet repercutirà en que gran quantitat de documents es troben al Archivo General de la Administración de Alcalá de Henares.
Arran de la creació en 1858 del Cos Facultatiu d’Arxivers i Bibliotecaris, els arxius universitaris seran atesos pel personal pertanyent a dit cos, gestionant els documents procedents de la Secretaria General i de les Facultats i Escoles Universitàries, entre ells Mariano Rubio i Borrás, destinat en 1890 a l’Arxiu Universitari, qui li seguiran Luis Gonzalvo París, Vicente Ferraz Turmo i Joaquín Casañ Alegre, entre d’altres.
Al llarg del segle XX l’Arxiu Universitari serà una unitat de caràcter general del Servei d’Informació Bibliogràfica. Actualment l’Arxiu Universitari forma part del Servei de Biblioteques i Documentació, i està format per l’Arxiu Intermedi i l’Arxiu Històric.
